用人单位不可以扣押身份证。
根据国家相关文件规定，任何组织处理公安部门以外都是无权扣压公民身份证的，若员工在单位入职以后，单位以任何理由拿了居民身份证而不归还（资料备案可以短时间上交单位）情况下，员工是可以直接到公安部门进行投诉或者报案的，单位没有扣压身份证的权力。
《中华人民共和国居民身份证法》
第十六条 有下列行为之一的，由公安机关给予警告，并处二百元以下罚款，有违法所得的，没收违法所得：
（一）使用虚假证明材料骗领居民身份证的；
（二）出租、出借、转让居民身份证的；
（三）非法扣押他人居民身份证的。
第十七条 有下列行为之一的，由公安机关处二百元以上一千元以下罚款，或者处十日以下拘留，有违法所得的，没收违法所得：
（一）冒用他人居民身份证或者使用骗领的居民身份证的；
（二）购买、出售、使用伪造、变造的居民身份证的。
