《奈克赛斯·奥特曼》背景：近来世界各地不断有“异生兽”作乱的报告。为了暗中解决这个问题，成立了世界性的防卫组织TLT的下属特种部队夜袭队NR（Night Raider）。他们的任务就是秘密消灭异生兽。但是，巨型异生兽突然出现在拥有骄人战绩的夜袭队面前，他们陷入了苦战。这时，光之巨人奈克赛斯·奥特曼登场了！本作中出现了同一个奥特曼的五个人间体（包括奈克赛斯·奥特曼的前身奈克斯特·奥特曼的人间体真木舜一，出场于剧场版《ULTRAMAN》），他们被称作适能者[1] 。
故事发生在距现在不远的未来，我们人类所了解的世界看上去并没有发生太大的变化，但是世界各地不断有“异生兽”作乱的报告。为了暗中解决这个问题，成立了世界性的防卫组织TLT，它的日本支部被称为TLT-J。而TLT-J的下属组织就是夜袭队NR（Night Raider）。他们的任务就是秘密消灭异生兽。
新的敌人异生兽突然出现在拥有骄人战绩的夜袭队面前，他们陷入了苦战。这时，光之巨人奈克赛斯奥特曼登场了。奈克赛斯·奥特曼的适能者——一度失踪的战地摄影师——姫矢准也出现了。奈克赛斯·奥特曼斯利用相位的褶曲，制造出属于自己的战斗空间“美塔领域”。他在巨大化后，将异生兽拉到这个空间内进行战斗。随后，TLT的切斯特战机进行合体后也可以进入这个空间，与奈克赛斯一起作战。
TLT的新队员，孤门一辉，他与和仓队长以及其他的队员一起处理着繁忙的任务。可是自从他遇到姬矢准后便对自己的任务以及周围的环境产生了疑问：组织究竟隐藏着怎样的秘密？队员们的过去又是如何的？奈克赛斯和异生兽的原形到底是什么？……
孤门和姬矢建立了深厚的友谊，并开始一步步地揭开谜底……[1]
TV版第1-24集为姬矢准篇，第25集进行一次转折，第26-36集为千树怜篇，第37集是最终集，第38集是特别篇（剧情位于第31集和第32集之间）。
姬矢准篇
故事发生于电影《ULTRAMAN》的5年后。THE ONE的碎片散到世界各地，化成不同的异生兽。为了应付异生兽，人类成立了TLT与之对抗。
孤门一辉是TLT的新成员，正当孤门前往TLT的基地时，他遇上了异生兽袭击，幸得奈克赛斯·奥特曼相救，这便是孤门与奈克赛斯的初次邂逅。当孤门正式上阵的时候，再次遇上奈克赛斯，但西条风副队长却认为他是异生兽，对他展开了攻击，且亦得到预知者优的认同，孤门对于此举大感不解，对工作感到迷失。随后，异生兽们竟学会了进化，变得相当巨大，奈克赛斯便变成红色青年形态，并展开亚空间「美塔领域」进行战斗，这个空间就连夜袭队的铬金切斯特战机也不能进入。就在世人一无所知的情况下，奈克赛斯把异生兽消灭。在一次战斗中，奈克赛斯腿部受伤，变回姬矢准后更受到西条及孤门的追捕，孤门见姬矢伤势便知道他是奈克赛斯。这时姬矢只好唤出适能者专用的飞行物体逃走，孤门在触碰飞行物体时感到了姬矢准的过去充满悲伤。
黑暗浮士德出场
这次姬矢准又再次看到异生兽出现，正想变身之时竟遇到一个黑暗巨人袭击。这黑暗巨人不但与奈克赛斯力量相若，更可化解「美塔领域」，变成「黑暗领域」，令奈克赛斯陷入苦战之中。这巨人正是黑暗浮士德。此时夜袭队开发出突击合体的阵式，铬金切斯特战机合体成为强击切斯特便可突入「美塔领域」。对于奈克赛斯而言可谓多了一个可靠的战友。
一天孤门去到女友斋田莉子家中，竟发现空无一物，而且荒废甚久，孤门觉得情况有异。追查下竟发现莉子与家人已在半年前车祸中死去。原来莉子被某人赐予了重生的力量，但其实只是变成一个傀儡，她会在不自觉的情况下变成黑暗浮士德。奈克赛斯与黑暗浮士德展开最后之战时，异生兽的攻击几乎击中孤门时，莉子突然觉醒过来，为孤门挡了这一击，黑暗浮士德顿时鲜血狂喷。当孤门回到真实空间时，莉子已陷入濒死的边沿，无奈的孤门只好抱着她、看着她化成光消失于眼前。
黑暗梅菲斯托出场
浮士德事件其实幕后的黑手正是前TLT的副队长——沟吕木真也。数年前沟吕木真也在行动中与黑暗梅菲斯特邂逅，在黑暗力量的诱惑下，沟吕木便出卖灵魂，与黑暗梅菲斯托结合。
与奈克赛斯的多次恶斗下，两人仍分不出胜负。这时黑暗梅菲斯托竟唤出姬矢准第一头对付的异生兽——“地狱三头犬”伽鲁贝洛斯。姬矢准悲伤的回忆和恐惧竟再次被唤起，陷于苦战。且经过多番的战斗下，姬矢准的身体已破损不堪，加上其随后被TLT捉拿进行实验，身体情况更是雪上加霜。此时黑暗梅菲斯托派出异生兽库土拉引诱奈克赛斯到终焉之地决战。被奈克赛斯多次救回的夜袭队也终于对奈克赛斯认同，更利用铬金切斯特战机的终极射线唤醒晕倒的奈克赛斯。奈克赛斯与黑暗梅菲斯特终在火光中双双消失。在光芒之中孤门见到姬矢准，他便预言光会被某人继承……
当异生兽再度出现的时候，新的奥特曼出现了。[1]
千树怜篇
（格调开始转为明朗）：
姬矢准消失后，异生兽依然继续出现，这时一个蓝色的奈克赛斯站立于众人眼前。 战斗过后，孤门在附近一带搜查时，发现一个可疑的少年，于是便跟踪他。从伤势上，孤门可以肯定这少年便是适能者。孤门道明来意后，与少年千树怜成为了好友，并承诺会保守秘密。
TLT亦对千树怜起了疑心，派出MP的野野宫瑞生跟踪怜。不过瑞生不但跟踪失败，还与怜成为了朋友，甚至开始爱上了他。 在孤门和瑞生追查下，发现怜与一个名为「普罗米修斯之子计划」有关。在说明者的说明下得知这是一个优质因子婴儿的培育计划，怜是从美国逃出来的。
在终焉之地之战后失踪的沟吕木真也再现于人前，但却失去了记忆。他更与一个父母被他间接杀害的小女孩为伴。 后来沟吕木被TLT捉拿了，在囚室间他恢复了记忆，更得知自己只是黑幕的傀儡，沟吕木决心在死前与那女孩再见面，于是胁持瑞生离开。在同一时间，黑暗梅菲斯托的力量已与MP的三泽广之结合。
孤门和西条在追捕沟吕木真也时，三泽突然变身成黑暗梅菲斯托II攻击众人，幸好怜及时变身成奈克赛斯阻止了黑暗梅菲斯托II，不过却陷入苦战。回复人性的沟吕木利用自己的意志和光再次变身成梅菲斯托，沟吕木舍命把黑暗梅菲斯特II固定，奈克赛斯只好无奈把两人一同消灭，沟吕木最终死在了西条的怀里。[2]
最终篇
作为「普罗米修斯之子计划」的失败作，怜的身体日渐衰弱，但这次的异生兽却有展开领域的能力，使奈克赛斯不能展开「美塔领域」，迫于无奈在真实世界作战。梅格福拉什及伽鲁贝洛斯都被打败后，「未知之手」只好利用过去所有异生兽合成强力异生兽依组麦鲁，怜亦只好冒死出战。奈克赛斯一直陷于苦战，在危急关头下，幸得预知者鼓励，令奈克赛斯再次站起来并打败依组麦鲁。事后怜已疲倦得倒下，幸好补完药物「拉斐尔」及时完成，怜才得以续命。
怜之后，下一个适能者竟是西条副队长，同时石堀队员亦露出了真面目。原来石堀队员正是黑暗扎基，而杀死西条的父母、沟吕木变成黑暗梅菲斯托都是他一手安排，目的是令西条心中充满仇恨。当西条变成奈克赛斯时，立即被忘川侵蚀，黑暗扎基因此得到解放，而且因着西条心中充满仇恨变得更强。
孤门奋不顾身地进入忘川救回西条，而光之纽带亦于同时降临到了孤门身上。孤门联想起姬矢和怜的变身，大喊一声奈克赛斯便立即变身。不过孤门仍不是扎基的对手，完全被对手牵制着。这时突然姬矢、怜出现于孤门的脑海中，奈克赛斯立即变成了红色青年形态反击，之后孤门又变成了蓝色青年形态战斗，就在那时，人群突然想起当年的新宿事件，他们都纷纷为奈克赛斯打气。在人们的鼓励下，孤门终于解放出「第一来访者」的力量，变成了诺亚·奥特曼。诺亚以压倒性的力量把扎基轰到太空，更以闪电·诺亚把扎基消灭。 事后虽然异生兽仍继续出现，但是TLT已把灾害降至最低，并且放弃替目击者洗脑的做法，每人都怀着希望为明天而战。
NEXUS，那是被继承着的光的纽带[3] 。
