1-24集为姬矢篇，25集进行一次转折，26-36集为千树篇。37集是最终集。
姬矢篇（一反奥特曼系列作品常态，格调阴暗，剧情扑朔迷离）：
在人们看似平静的生活背后，有着不为人知的现实。原为救援队队员的青年孤门一辉在前往TLT上任的路上，与银色的巨人——奥特曼邂逅，全然不知的事实降临到了他身边。经过多舛的成长，孤门终于能够不再带着迷惑前进了。另一方面，一直带着自责战斗的适能者姬矢准，由于长期战斗，身体积累了太多伤痛，终于异生兽手里倒下了。但当他明白了光的真正意义的时候，奥特曼再次站了起 来，靠着光之纽带奋力击败了黑暗梅菲斯特。在光中，姬矢对孤门说：“光是纽带，会有人将它继承，并再度发光的。”留下这句话，姬矢准，消失了。
异生兽再度出现的时候，新的奥特曼出现了。
千树篇（格调开始转为明朗）：
新适能者千树怜是一名性格开朗的在游乐场打工的少年。他自身是实验的“普罗米修斯之子”，由于基因缺陷，一到17、8岁就会全身细胞突然坏死而去世，唯一能够救命的就是特效药”拉斐尔“。经过大小的战斗，怜的身体不行了，奥特曼也已经无法张开美塔领域。拉斐尔终于完成，但同时最强的 异生兽出现了！为了人们，怜告别了恋人瑞生和孤门，最后一次做为奥特曼战斗。他拼尽全力打败了敌人，然后和奥特曼分离了，经过抢救，怜保住了生命。
最终集（匆匆收尾，剧情明显与上集不连贯）：
夜袭队员石堀露出了真面目，他就是DARK ZAGI（黑暗扎基）（原案中吉良泽优是为第一代黑暗路西法，西条风为第二代黑暗路西法）。他吸收了第四适能者西条风的光能，恢复了原身。人们也逐渐恢复了对奥特曼的记忆。（见电影THE ULTRAMAN）孤门从西条风那儿得到光的力量，做为最后最强的适能者，变身为诺亚·奥特曼，战 胜了DARK ZAKI。
我们还活着。即使失去了到昨日为止的和平，不得不面对恐怖的现实；即使失去了最宝贵的东西，心被撕裂；哪怕是被无法想象的恶意惊呆，我们要活下去，无论受到多少伤害，也一定会重新站起来；我们要活下去，因为我们并不孤独，你也并非独自一人。不要放弃！
NEXUS，那是被继承着的魂的纽带。
