我觉得你的问题不在于是否熟悉生产管理上。质保管理如果不熟悉生产流程，恐怕也就是个纯理论，是没法管的。所以从某种意义上说生产管理与质量管理是相通的。
你最关键的问题，是没有管好人。管人不像你管理机器或一件事情那样——设计好流程，按流程标准来管理就行了。管人有时候要用点心眼，不能太机械。
一个团队做事，首先要想法让其中绝大部分人的思想保持统一。但在你没有取得绝对权威之前，你不能要求他们的思想和你保持一致。这时候，需要讲点策略，找到其中的关键人物，利用他们的影响力来为你所用。就像你说的那两个车间主任。你只要告诉他你要的是什么结果，剩下的事情全部让他们自己去处理，中间怎么干，你不必去干预。最大程度地给与他们管理上的自主权，同时也让他们承担了更大的责任。
事情的安排可以一步一步来，比如针对一个合理的生产流程的设计，可以拆分为几个步骤去安排，比如你可以先让车间主任把设备维护责任给明确出来，然后是生产安全责任、设备操作规范、生产工艺规范、品质自检规范等等，逐步落实。每一步你只看结果说话，中间有什么问题让他们自己去处理，除非来征求你的意见，否则不要干预。要让他们觉得自己有很好的发挥空间，可以放手做事。
像什么GMP认证之类的事情，不是人家不配合你，而是不知道如何配合你。所以，你得为此给其他人做一些培训，告诉他们这个认证到底是怎么回事，对企业乃至企业中的每个人能带来什么样的好处和变化。而认证中有哪些关键需要大家共同注意，一起配合且如何配合等等。同样，在这之后，你可以把整个事情分解为若干环节，分配到下面相关的人员头上，给他们明确的目标，督导其完成。
相反，你凡事都亲力亲为了，别人无所事事，想配合你，也没机会。
当然，在用人过程中，有时还需要使用些小权术，该激将的激将、该鼓励的鼓励，根据每个人的能力与性格，设法调动其积极性与责任心。
