一、总公司与分支机构申请合并报税流程：
（一）申请
纳税人携带资料向主管税务机关办税服务大厅提出申请。申请资料如下：
1、分支机构税务登记证复印件；
2、总机构税务登记复印件；
3、《非独立核算分支机构合并申报认定表》。
（二）审核
税务机关审核提出合并申报申请的企业是否为非独立核算分支机构，审核被合并申报企业是否存在于进行合并申报企业的分支机构名单中，检查其分支机构与总机构的核算方式，账务往来，账簿设立情况是否符合查账征收合并申报的要求。符合条件的予以办理。
（三）生效取件
纳税人在税务机关承诺的期限后，到受理窗口领取审批结果。
二、根据《中华人民共和国增值税暂行条例》
第二十二条有关规定，现将固定业户总分支机构增值税汇总纳税政策通知如下：固定业户的总分支机构不在同一县（市），但在同一省（区、市）范围内的，经省（区、市）财政厅（局）、国家税务局审批同意，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报缴纳增值税。
省（区、市）财政厅（局）、国家税务局应将审批同意的结果，上报财政部、国家税务总局备案。
扩展资料：
根据《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则、《中华人民共和国企业所得税暂行条例》及其实施细则和有关规定，总局决定对汇总纳税企业实行“统一计算、分级管理、就地预交、集中清算”的征收管理办法，现将有关问题通知如下：
八、汇缴企业所属成员企业为多层次的，即有二级、三级或四级成员企业，并且在同一省、自治区、直辖市和计划单列市区域内的，本通知第三条规定的成员企业就地预交企业所得税的比例，是指二级成员企业将所属成员企业就地预交的企业所得税合并之后应达到的比例。
如果二级成员企业的所属企业根据本通知第三条规定的比例就地预交的企业所得税汇总后超过本通知第三条规定比例的，省级税务机关可适当调整二级成员企业所属企业就地预交的比例。
九、汇缴企业应在年度终了后4个月内，向所在地主管税务机关报送汇总后的《企业所得税年度纳税申报表》及有关财务会计报表，并附送各二级成员企业汇总的《企业所得税年度纳税申报表》，集中清算，统一办理汇缴企业所得税的年度汇算清缴。
十、汇缴企业根据汇总的企业所得税年度纳税申报表，统一计算的应纳所得税额，大于成员企业按规定比例在当地预交的企业所得税额的部分，由汇缴企业在规定时间内补缴；小于成员企业在当地预交的企业所得税额的部分，由汇缴企业抵缴下一年度统一计算的应缴企业所得税额。
参考资料来源：
