清华大学深圳研究生院和清华-伯克利大学都是以清华大学为载体的学校，但它们在直属单位等方面有所不同，区别为：
1、建设单位构成不同。清华-伯克利深圳学院由深圳市人民政府、清华大学与加州伯克利大学联合成立，致力于培养全球科技领袖和未来企业家。而清华大学研究生学院是清华大学与深圳市合作创建的高层次人才培养基地和科技创新基地，是清华大学的异地办学机构。
2、师资团队不同。清华-伯克利深圳学院的师资团队，三分之一来自清华大学，三分之一来自加州伯克利大学，另外三分之一将在全球范围选聘最优质的师资。清华大学研究生学院的师资团队主要是清华大学的师资团队。
3、建院时间不同。清华大学研究生学院是在2000年10月14日，深圳市政府与清华大学签署合作创建清华大学深圳研究生院。而清华—伯克利深圳学院于2014年正式启动，面向全球招生。
4、直属单位不同。清华大学深圳研究生院直属清华大学的；而和清华-伯克利大学是由双方共同管理的，不直属于清华大学。
5、毕业学生获得的学位不同。清华大学-加州伯克利大学对于学院的硕士生，学院拥有清华大学-加州伯克利大学双硕士项目，学生通过在国内学习2年，在加州伯克利大学学习1年，3年后分别获得清华大学硕士学位和加州伯克利大学硕士学位。而清华大学研究生学院毕业后是清华大学的硕士学位。
参考资料来源：百度百科——清华伯克利学院
参考资料来源：百度百科——清华大学深圳研究生院
