区别如下：
一、主体不同
1、清华大学深圳研究生院：是清华大学和深圳市合作创建的高层次人才培养基地和科技创新基地，直属清华大学，为清华大学唯一的异地办学机构，是清华大学教育改革的试验田和创建世界一流大学的重要组成部分。
2、深圳清华大学研究院：是深圳市政府和清华大学共建的以企业化方式运作的事业单位。
二、研究特色不同
1、清华大学深圳研究生院：坚持“顶天、立地、树人”的科研理念，已建成一批国家级、省部级重点实验室分室或分中心，深圳市重点科研机构，与海外高校建立的联合实验室，省部产学研联盟和一些校企合作科研基地。
2、深圳清华大学研究院：研究院恪守着清华“自强不息，厚德载物”的校训，秉承了深圳“敢闯敢试，兼容并蓄”的精神，以体制机制创新为核心，在实践中形成了独具特色的发展理念，确立了行之有效的发展战略，各项工作持续不断地取得了令人瞩目的进展与成绩。
三、规模不同
1、清华大学深圳研究生院：研究院累计孵化企业累计孵化1508家，目前在孵807家，投资企业145家，培育20家上市公司。
2、深圳清华大学研究院：清华大学深圳研究生院占地面积为20.06万平方米，建筑面积为18.39万平方米，有博士、学术型硕士、专业学位硕士三种培养类别，涵盖19个一级学科，有专职教师148人，有在校全日制研究生为3027人，其中硕士生2683人，博士生344人。
参考资料来源：百度百科-深圳清华大学研究院
参考资料来源：百度百科-清华大学深圳研究生院
