1、按照你的描述，A公司的最初的注册资本为1000万元。如果已经按照法定程序进行了工商登记注册并取得了营业执照，是符合规定的。
2、按照你的描述，甲出资350万元，全部以货币出资，根据《验资报告》也是符合规定的。
3、按照你的描述，乙以机器设备出资，其设备是否价值500万元，应该有《资产评估报告》，如果如你描述其实际出资的机器设备仅价值120万元，应从以下两方面考虑：（1）、存不存在机器设备的贬值问题？不同时期，不同的机器设备价值是会有很大波动的。（2）、如果当时就存在虚估的情况，如果没有《资产评估报告》，那么股东会里的甲和丙都有责任；如果有《资产评估报告》，那么可以追溯事务所的责任。
4、按照你的描述，丁于2007年入股，根据公司法的规定，丁应以其对该公司的出资承担有限连带责任。
由于你的描述不是很详细，所以不能确定的回答，详细情况还请咨询当地有资质的主管机关。
