民办非企业单位的应缴纳以下税种：
1、增值税，小规模纳税人税率3%（全部收入为计税依据不减除成本费用），一般纳税税率6%-16%；或营业税，税率（3%-20%）
2、城建税。按缴纳的营业税缴纳；
（1）纳税人所在地在市区的，税率为7％；
（2）纳税人所在地在县城、镇的，税率为5％；
（3）纳税人所在地不在市区、县城或镇的，税率为1％
3、教育费附加，按缴纳的营业税的3%缴纳；
4、地方教育费附加，按缴纳的营业税的2%缴纳；
5、水利基金，按缴纳的营业税的1%缴纳；
6、印花税。印花税：合同按金额的万分之三贴花；
6、所得税。
7、土地使用税。一般规定每平方米的年税额，大城市1.5元至30元；中等城市1.2元至24元；小城市0.9元至18元；县城、建制镇、工矿区0.6元至12元。”。
8、房产税。应纳税额=应税房产原值×（1-扣除比例）×年税率1.2%
9、车船使用税。
扩展资料
民办非企业单位是指企业事业单位、社会团体和其他社会力量以及公民个人，利用非国有资产举办的从事非营利性社会服务活动的社会组织。
如各类民办学校、医院、文艺团体、科研院所、体育场馆、职业培训中心、福利院、人才交流中心等。
申请条件
(1)经业务主管单位审查同意；
(2)有规范的名称、必要的组织机构；
(3)有与其业务活动相适应的从业人员；
(4)有与其业务活动相适应的合法财产；
(5)有必要的场所。
许可程序
(1)符合条件的申请人向本级民政部门提出申请；
(2)民政部门现场勘察、核查、做出决定；
(3)民政部门向符和法定条件的申请人发放《登记证书》，并在一定时间内进行新闻公告。
许可期限
自收到申请之日起二十个工作日内做出决定；决定后十个工作日内向申请人颁发《民办非企业单位登记证书》。
提交材料
(1)登记申请书；
(2)业务主管单位的批准文件或许可证；
(3)场地使用权证明；
(4)验资报告；
(5)拟任负责人的基本情况、身份证明；
(6)章程草案，其中内容包括名称、住所，宗旨和业务范围，组织管理制度，法定代表人或负责人的产生、罢免程序，资产管理和使用原则，章程的修改程序，终止程序和终止后资产的处理，需要由章程规定的其他事项。
参考资料： 百度百科－民办非企业
