锦鲤共分为九大品系，约百余品种。根据色彩、斑纹及鳞片的分布情况，主要分为13个品种类型。 一、红白锦鲤：锦鲤的正宗，全体纯白底红斑，不夹带其它颜色，底应雪样纯白，红斑浓而均匀，边界清晰。本类型分为20多品种。
体表底色为银白色，镶嵌有变幻的红色斑纹，在日本被认为是锦鲤的正宗。体表底色银白如雪，上镶嵌有变幻多端的红色斑纹，在清澈透明的水中遨游，可谓鲜艳绝伦。红白色花纹象征日本国旗的颜色，故最与日本人意含融合，备受日本人民喜爱。红白锦鲤是1917年由兰木五助所培育（兰木是地名，五助是店名）。它是以全身有红点斑纹的雄性“樱斑”鱼与头顶有红斑纹的雌鱼交配而成。根据红色斑纹的数量，生长和形状和部位又分为：
⑴二段红白锦鲤：在洁白的鱼体上，生有两段绯红色的斑纹，似红色的晚霞，鲜艳夺目。
⑵三段红白锦鲤：鱼体背部生有3段配上赤色的斑纹。
⑶四段红白锦鲤：银白色的鱼体上散布着4块鲜艳的红斑。
⑷一条红锦鲤：在雄健的鱼体上，从头部至发声柄形成一优美的红色条带。
⑸闪电纹红白锦鲤：鱼体上从头至发声有一红色斑纹，此斑纹形状恰似雷雨天的闪电光弯弯曲曲，妙不可言，因此而得名。
⑹富士红白锦鲤：红白锦鲤的头上有银白色粒状斑点，恰似富士山顶的积雪。但是此斑点只出现在1龄或2龄鱼体上，长大后有时会消失。
⑺拿破仑红白锦鲤：鱼体腹部两侧的斑纹酷似法国统治者拿破仑佩载的帽子。
⑻御殿樱锦鲤：小粒红斑聚集成葡萄状的花纹，均匀地分布在鱼体背部两侧。
二、大正三色锦鲤：白底上有红、黑斑纹，头部具红斑而无黑斑，胸鳍上有黑色条纹。此品系可分为10余品种。
鱼体底色雪白，又浮现出绯红、乌黑两色斑纹。
⑴口红三色：嘴吻上有小红斑的大正三色。
⑵赤三色：自头、背一直到尾结有连续红斑纹的大正三色，视觉上给人一种强烈的感觉，但品位不高。
⑶德国三色：德国鲤的大正三色称之。
另有衣三色归类于衣，鹿子三色及三色秋翠归类于变种鲤，大各锦归类于花纹皮光鲤，金银鳞三色及丹顶三色分别归类于金银鳞与丹顶类。
三、昭和三色锦鲤：黑底上有红、白花纹，胸鳍基部有黑斑。头部必有大形黑斑。此品系下分10余品种。
大正三色与昭和三色都是红、白、黑三色组成。其区别为：
大正三色为白底上有红、黑斑；昭和三色为黑底上有红、白斑。
大正三色头部无黑斑，而昭和三色有黑斑。
大正三色的黑斑呈圆形块状而存在于体上半部；昭和三色的黑斑呈线纹或带状，存在于全身。
大正三色的胸鳍全白或有黑条纹；昭和三色胸鳍基部有圆形黑斑块。
四、乌鲤：全体黑色或黑底上有白斑或全黄斑纹。可分为4至5个品种。
五、别光：白底、红底或黄底上有黑斑的锦鲤，属于大正三色品系。细分为近十品种。
在白、红、黄的不同底色上，呈现黑斑纹。
⑴白别光锦鲤：大正三色去掉红斑就是白别光，也就是白底上有黑斑的锦鲤。鱼体的底色洁白，其上的黑斑纯黑，色浓，分布于躯干部和尾柄部，黑白相同，色彩极为明快清秀。
⑵赤别光锦鲤：鱼体底色为红色，背部有黑斑纹的，称为「赤别光」。
⑶黄别光锦鲤：在黄色的鱼体上，点缀着漆黑如墨的黑斑，称之为黄别光。
六、浅黄：背部呈浅蓝色或深蓝色，鳞片外缘呈白色，脸颊部、腹部及各鳍基部呈赤色。根据颜色分10余个品种。
背部呈深蓝色或淡蓝色，而鳞片的外缘呈白色，左或颊颚、腹部和各鳍基部呈红色。
⑴水浅黄锦鲤：这是浅黄锦鲤中体色最浅的一种。
⑵绀青浅黄锦鲤：鱼体呈鲜艳的深蓝色，是知名品种之一。
⑶鸣海浅黄锦鲤：是浅黄锦鲤中最有代表性的品种。其鳞片中央呈深蓝色，而鳞片的边缘却呈浅蓝色，两色相映，如同湖面的波光漪涟，动人心弦。
⑷秋翠锦鲤：该品种为杂交品系，在鱼背上有一条紧密排列的鱼鳞，一直到鱼体尾部，腹部的侧线上也有一排鱼鳞，其他部位没有鱼鳞。背上的钴蓝色和下腹部的红色花纹相映成趣，属浅黄锦鲤的珍品。秋翠锦鲤的变种名叫“绯秋翠”，其背部分别有各种绯红的花纹，价值更高。
七、衣：系红白或三色与浅黄交配所产生的品种。细分为近10个品种。
是浅黄锦鲤和红白锦鲤或三色锦鲤杂交的后代。
⑴蓝衣锦鲤：是红白锦鲤与浅黄锦鲤杂交的后代。在红色斑纹上略带色，而红斑上的鳞片后缘又有半月形的蓝色网状花纹。是锦鲤中受欢迎的品种之一。
⑵墨衣锦鲤：在红白锦鲤的红斑上再浮现出黑色的斑纹。
⑶衣三色锦鲤：是蓝衣锦鲤与大正三色锦鲤交配所产唾的品种。在大正三色锦鲤的红色斑纹上显露出蓝色斑纹。
⑷衣昭和锦鲤：是蓝衣锦鲤与昭和三色锦鲤交配所产生的品种。在昭和三色锦鲤的红斑上出现蓝色斑纹。
八、变种鲤：包括乌鲤、黄鲤、茶鲤、绿鲤等二十多个品种。
九、黄金：全身清一色金黄，可分为二十余品种。
⑴山吹黄金锦鲤：鱼体呈纯黄金色，鱼鳞排列整齐，亮晶晶的，发出金黄般的光芒。
⑵桔黄金锦鲤：鱼体为纯桔黄色。
⑶灰黄金锦鲤：鱼体银灰色，无鳞。
⑷白金锦鲤：鱼体呈银白色。
十、花纹皮光鲤：黄金锦鲤与其它品系（不含乌鲤）交配产生的品种。常见有10余品种。
十一、光写：写类锦鲤与黄金锦鲤交配产生的品种。
十二、金银鳞：全身有金色或银色鳞片的锦鲤。
十三、丹顶：头顶有圆形红斑，而鱼身无红斑。
⑴丹顶红白锦鲤全身银白，仅头顶有一块鲜艳的圆形红斑，浓妆素裹，堪称一绝。
⑵丹顶三色锦鲤全身洁白，其上略有乌斑，头顶有一块鲜艳的圆形红斑，集素雅、艳丽于一体。
⑶丹顶昭和锦鲤身躯为昭和三色锦鲤斑纹，唯有头顶生有一块红色斑。
