鱼缸绿藻分多种，可以对应相关办法来进行除藻。
一、绿水
绿水又称水华或藻华，通常是单细胞绿藻（如小球藻）过度繁衍所造成的景象，这种藻类形成的原因，主要是水中累积有过量硝酸盐及磷酸盐之故，其繁殖力相当快速，能在理想光环境及营养环境中，只需半天时间，即可由一个小球藻细胞，繁衍出几兆个细胞来，使清澈的水，立即转为绿色。
绿水的出现不会酿成大害，所以不用担心。在水产养殖界，放养鱼类之前，通常会在养殖池先培养出绿水（俗称养水），以预防养殖初期，发生氨的毒害反应，因为绿藻可以吸收氨（铵）为氮肥。
虽然绿水形成得快，但它消失得也快。一般而言，它的去除比一般藻类容易得多，只要断绝它的营养来源，就能在短时间内消灭它。因此，只要做到勤换水，暂时不施肥及不喂鱼，使硝酸盐及磷酸盐的来源完全断绝，即可能使它消失于无形。
另外，使用紫外线杀菌灯处理绿水，大约不到一周时间，也可以获得有效控制，但要彻底解决这问题，还是以水中不能累积过量硝酸盐及磷酸盐才行，否则很容易又会再度滋生。
二、膜状藻
膜状藻主要为蓝绿藻种类，通常生长在水草叶片、石头、缸壁或底砂表面上，其颜色常为蓝绿色，偶而为黑、紫或棕色。最容易在水族缸设置之初出现，或换水频率过高的水族缸也较易产生。它们特别具有危险性，因为它们生长速度非常惊人，而且会形成一层薄膜，抑制水草的光合作用及呼吸作用，使水草生长不良。
蓝绿藻是一种介于细菌与藻类之间的原核微生物，过去被归类为藻类，但有人主张应改归类为细菌才适当，因为它与属于真核微生物的藻类为并不相同，具有细菌的某些特征，所以也可以称为篮细菌，能进行细胞分裂生殖，繁殖速度相当快。可视为属于一种尚未完全由细菌演化为真正藻类的过度生物，不同于一般细菌的是，它的细胞中含有叶绿素，因此能进行光合作用，自营生活。
这种藻类在硬度较高的水域较易发生，比一般藻类更能耐高水温，其生命力及繁殖力相当旺盛，但可利用除藻剂或消毒杀菌剂消除。不过，其尸体分解后可能会产生毒素，易使鱼虾中毒死亡。因此，在处理上，尽量不要使用除藻剂或消毒杀菌剂，以免鱼虾发生中毒意外。如果想要去除它，最好还是动手将它移除、保持水质干净，或者肥料添加不要过量，才是稳当的作法。
三、丝状藻
丝状藻通常属于绿藻种类，因藻体呈丝状而得名，品种很多且形态相似，有时候用肉眼不容易辨识。主要附着生长在水草叶片及石头上，以绿色品种居多，外形多半为棉花状、线状、或刷状。它们的生长条件与水草几乎相同，很容易在水草缸生长，可称得上是水草缸的常客。
丝状藻形成的原因，大部分都是附着于水草叶片入侵的，真正属于水族缸自生的反而比较少，所以在栽培新水草之前，如果能加强丝状藻的检疫工作，相信引起丝状藻滋生的机会应该会少许多。另外，换水次数太少，使水族缸累积过多的硝酸盐及磷酸盐，将会加速丝状藻的繁殖速度，若光线太强或施肥过量，更会助长这种趋势。
处理时，可以用手或适当的工具将丝状藻移走，或放养藻食性动物，如大和藻虾协助消除，必要时使用除藻剂会有更迅速的效果。另外，勤换水，借以稀释过剩营养盐的浓度，则是抑制其继续扩散的有效方法。
四、青苔
生长在水族箱玻璃或缸中石块表面上绿色的膜片状藻类，通常是一种俗称"假小石莼藻"的绿藻，这种藻类即一般人所称之青苔，能广泛适应于各种水质条件，在温度5-36℃，pH值5.5-9.0，光度500-2500Lux，未优养化至高度优养化的水质中均能生长。
青苔的繁殖速度十分快速，尤其在有机营养物质丰富的水中更是常会大量滋生。如果水族缸正面的玻璃长满青苔，整个水草景观将被遮挡而无法透视，所以会严重影响水草景观的观赏品质。虽然利用普通擦拭法很容易消除，但是要想根除却不容易，再生的机率相当高，因此常让人感到颇为困扰。
要清除青苔，以放养除藻动物的方法最安全而有效，像小精灵、黑线飞狐、白玉飞狐等鱼类都能为您协助清除。尤其是以放养笠螺最具成效，只要放养1-2只笠螺，并且能让它们舒适生活其中，就几乎可以不用再担心青苔问题了。
五、黑毛藻
黑毛藻是最常见的毛皮状藻类，长约0.3公分，大部分丛生于水草叶缘，也会密密麻麻地长在水族缸内任何固体表面上，长相非常不讨人喜欢。一旦在鱼缸内著生，特别具有破坏力，要让它自然消失，几乎是非常困难之事，所以常令人感到十分头痛，其发生的原因通常是水体中磷酸盐过量，或养分不均衡使然。
黑毛藻是黑色的藻类，几乎能直接或间接利用所有可见光，其光合作用的效率为水草或其他藻类所难望其项背者，以致在任何光质及光度下，它依然可以生存得很好。它能直接利用水中的溶氮（DN）为氮肥，所以在完全没有氮肥（如硝酸盐及铵盐）的情况下，也可以正常生长，由此可见其生命力强韧的一般。
过去只要发现水草长出黑毛藻时，都是立即利用剪刀把长藻的叶片直接剪掉，以尽可能把它从水族缸彻底移除，不过它的孢子仍有再度萌发的机会，实在很难达到根绝的目的，纵使放养藻食性动物协助清除，但效果并不明显，甚至使用一般除藻剂也难于对抗，因此许多人曾为此而翻缸。所幸，更有效的除藻剂（如TBS黑毛藻克星）问世之后，大约在两三星期的疗程中，就可以把它消除殆尽，所以它的威胁性已经大为降低。
六、矽藻
矽藻在水草缸也是常见藻类之一，不过出现的机率，比上述藻类要来得少一些。在水族缸鲜少有大规模矽藻出现，通常只是局部生长在水草向光的叶片、见光的砂层表面，或更多情况是长在缸壁上。外观呈不规则膜片状或泥状，由于呈褐色的，有许多人也称之为褐藻。
促使矽藻滋生的原因，最常见的是光线不足，水中含氧量过低，水质偏碱性，过滤系统不良等因素所造成的，反而与肥料过剩的关系较少，所以矽藻也可能发生于养分贫乏的水族缸中。
当发现有此种藻类生长时，首先可以从加强光照，以及健全过滤系统等措施着手改善，也许即能在短期内逐渐让它自动消失。如果没有明显改善，则可以放养藻食性鱼类及笠螺来协助清理，或使用除藻剂给予清除，可能更迅速有效。
