存在以下区别：
1、工作性质上的区别
在编公安主要从事代表社会福利工作或者非营利性工作；
公务员公安主要从事国家行政事务的工作。
2、管理依据上的区别
在编公安的招聘、晋升、退休、辞职按照《国家劳动法》规定执行。公共机构在人事管理方面拥有更大的权力；
公务员公安的招聘、晋升、退休、辞退、辞职按照《国家公务员管理》规定执行。
3、在保险待遇上的区别
在编公安享受的保险待遇按照国家有关社会保障规定执行，更加灵活。与公务员相比，并因不同的地方和单位的经济条件而有很大差异，要上失业保险和医疗保险；
公务员公安享受的保险待遇按照国家公务员管理条例执行，要上医疗保险。
参考资料来源：百度百科-公安专项编制
参考资料来源：人民网-北京市公安局丰台分局：推进机构改革及人员编制调整
