一、概念不同
1、全额拨款事业单位
全额拨款事业单位也称为全供事业单位，也就是全额预算管理的事业单位，是其所需的事业经费全部由国家预算拨款的一种管理形式。
2、差额拨款事业单位
差额拨款事业单位按差额比例，财政承担部分，由财政列入预算；单位承担部分，由单位在税前列支，如医院等。
二、包括内容不同
1、全额拨款事业单位
这种管理形式，一般适用于没有收入或收入不稳定的事业单位；如学校、科研单位、卫生防疫、工商管理等事业单位，即人员费用、公用费用都要由国家财政提供。
2、差额拨款事业单位
差额拨款单位的人员费用由国家财政拨款，其他费用自筹。这些单位的人员工资构成中固定部分为60%，非固定部分为40%。按照国家有关规定，差额拨款单位要根据经费自主程度，实行工资总额包干或其他符合自身特点的管理办法，促使其逐步减少国家财政拨款，向经费自收自支过渡。
三、作用不同
1、全额拨款事业单位
单位除财政拨款外没有其他的收入，或其他的收入很少，当然争取全额拨款好，这样人员的工资、基本奖金就有了保障。如单位的其他收入很多，还是差额拨款好。因为差额拨款下，财政对单位的监控较少，单位自由度更大。
2、差额拨款事业单位
采用这种管理形式，有利于国家对事业单位的收入进行全面的管理和监督，同时使事业单位的经费得到充分的保证。
参考资料来源：百度百科－财政全额拨款
参考资料来源：百度百科－差额拨款事业单位
