1894年11月侵华日军从庄河花园口登陆后，很快攻陷金州，侵占旅顺口。日军第一师团长山地元治下令：“除妇女老幼外，全部消灭。”实际日军不论士农工商、男女老幼以致盲残，无一放过。日军从东向西沿街挨门搜查，见人即杀。城里人杀光后，又袭杀市郊居民，其暴行令人发指。美国记者克列尔曼1894年11月24日报道：“旅顺全境人民尽为日人残杀，连日屠戮手无军器及非抗敌之居民多至无数，残体死尸堆满街衢，我目下执笔书此，仍闻枪弹之声。”英国海员詹姆斯·艾伦在《在龙旗下——甲午战争亲历记》中写道：“只见那池塘岸地，立满了日本兵，赶着一群逃难人逼向池塘里去。那水里断头的、穿胸的、破腹的，搅作一团，湖水被血染红了。”这次震惊世界的大屠杀持续4昼夜，旅顺2万同胞惨遭杀戮。
日军为了掩盖罪行，于翌年2月捕捉中国居民组成抬尸队，把中国死难同胞尸体集中于旅顺岭南花沟焚化，然后将骨灰装进3口棺材，埋在白玉山东北麓，在墓前立一木牌，上书“清国将士阵亡之墓”。1896年，清直隶候补道员顾元勋到旅顺主持万忠墓立碑仪式，亲书“万忠墓”三字。日本投降后，旅顺各界人民于1946年10月25日在万忠墓举行首次祭祀活动。从此，万忠墓成为大连人民进行爱国主义教育的重要基地。
旅顺大屠杀事件曝光后，日本侵略者的兽行受到全世界的谴责。迫不得已，日军对外公布了旅顺大屠杀“真相”：死亡10800人，幸存36人。
