不同点一：一人到两人。神舟五号只有杨利伟一个乘客，神舟六号增加为由费俊龙和聂海胜两名航天员组成的乘组。
不同点二：一天到多天。神舟五号仅飞行21个小时，绕地球14圈，距离总计60万公里。神舟六号要在轨运行多天，飞行圈数、距离必然大大增加，费俊龙和聂海胜将成为飞得最远的中国人。
不同点三：一舱到多舱。神五飞行中，杨利伟一直待在返回舱内，也没有进行空间科学实验操作。但这一次，两名航天员要从返回舱到轨道舱吃饭、睡觉并进行空间科学实验。这是我国第一次有人参与的空间科学实验。飞船应用系统总指挥、总设计师顾逸东：科学试验如果没有人的参与，试验的内容和效果将受到很大的限制，因为从某种意义上来说，科学试验无法事先设定好，试验过程中会出现一些根本无法预料到的情况，需要科学家根据这些情况采取措施，这必须要有人的参与。所以说，人的参与将使空间科学试验实现质的飞跃。
不同点四：航天员的“衣”。神五飞行中，杨利伟一直穿着航天服，而这次两名航天员要脱下航天服到轨道舱活动。
不同点五：航天员的“食”。神五飞行的21个小时里，杨利伟吃了些小月饼，喝的是矿泉水，而这次，航天员吃上了热饭热菜。
不同点六：航天员的“睡”。杨利伟躺在座椅上睡了两觉，其间熟睡有半个小时。这次飞行，两名航天员睡觉时间增多了，而且要用上太空睡袋。
不同点七：航天员的如厕问题。杨利伟在太空没有上厕所，神舟六号飞船首次在轨道舱里装备了大小便收集器。陈善广：在太空上厕所是个麻烦事。我们的航天服里有一个类似于“尿不湿”的小便收集装置，这是上次飞行中杨利伟惟一能够使用的“厕所”。这次我们增加了一个大小便收集器，能够强力吸走排泄物，同时通过除臭装置除去异味。这个吸尘器式的“太空马桶”在太空中是否方便好用，是这次任务需要验证的一个问题。
不同点八：飞船更舒适。基于两人多天的飞行任务，神舟六号飞船首次全面启动了环境控制和生命保障系统。载人飞船系统总设计师张柏楠：通过110多项技术改进，这艘飞船提高了冷凝水汽的能力，确保飞船湿度控制在80％以下，改进了座椅的着陆缓冲功能，不仅保护了航天员，还能让他在返回途中座椅提升仍然可以看到舷窗外的情况。另外，因为人数和设备的增加，神六比神五飞船重了200多公斤。
不同点九：火箭更安全。与上一枚火箭相比，发射神舟六号飞船的“长征二号F”型火箭有75项技术改动，更加安全、可靠和舒适，也有了更多的功能。运载火箭系统总设计师刘竹生：世界上不少航天事故都是火工品爆炸造成的，为了确保航天员的安全，这枚火箭第一次在点火装置上增加了火路安全机构，把火工品爆炸的风险降到了最低点。同时，我们用新的计算方法，进一步了减小了上升段的震动。这枚火箭上还第一次安装了摄像头，可以把火箭从起飞到船箭分离等动作的画面实时传回，以帮助地面更加准确地观测和判断火箭状态。不同点十：副着陆场首次启动。与神舟五号着陆场系统最大的不同在于，这次飞行任务首次全面启用了位于酒泉附近的副着陆场。
不同点十：航天人更年轻。尚志、张柏楠、刘宇、陈善广……在神六飞行任务各系统的“老总”中间，记者发现了不少40岁出头的年轻的新面孔。神舟五号七大系统总指挥、总设计师平均年龄53．6岁，神舟六号为48．7岁。
