HLAI类分子 由重链(α链)和轻链(β2m)组成, α链为跨膜结构，其胞外段有α1、α2、α3结构域，HLAI类分子可分为四个区：
(1)肽结合区: 为与抗原多肽结合部位, 属多态性区域，包括α1、α2结构域；
(2)Ig样区: 与CTL表面CD8分子结合的部位,属非多态性区域，即α3结构域；
(3)跨膜区：固定MHC-I类分子于膜上；
(4)胞浆区：参与胞内信号传递；
(5)b２m：维持MHC-I类分子空间构型的稳定性。
HLAI类分子广泛分布于各种有核细胞及血小板表面。
HLAII类分子 由HLA基因编码的α链和β链组成,胞外段分为α1、α2、β1、β2结构域。
(1)肽结合区: 由α1、β1结构域组成，为与抗原多肽结合部位, 属多态性区域；
(2)Ig样区: 由α2、β2结构域组成，与Th细胞表面CD4分子结合的部位,属非多态性区域；
(3)跨膜区：固定MHC-II类分子于膜上；
(4)胞浆区：参与胞内信号传递。
HLAII类分子主要表达在专职APC（如DC、单核/巨噬细胞、B细胞）、激活T细胞表面和胸腺上皮细胞。
功能:
1、参与抗原加工和提呈
2、参与对免疫应答的遗传控制
3、参与T细胞限制性识别
4、参与T细胞在胸腺的发育
