电影是一种艺术形式，将真实案件改编为电影或多或少都会有一些艺术加工。
《湄公河行动》与“湄公河惨案”最直接的联系就是故事背景是一样的。
事件的起因是中国的两艘商船“华平号”和“玉兴8号” 在湄公河金三角水域遭遇袭击，造成商船上13名船员全部遇害。由于商船出事的地方在贩毒中心金三角，一时间关与船员们的死因众说纷纭。
经过前期调查，发现这次事件确与贩毒集团相关。国内公安部门派出了200人的精锐警力，赴泰国调查此事，以求破案。
经过一系列未被公开的过程，最终锁定犯罪团伙为毒枭“糯康”集团。2011年到2012年间，对糯康进行了三次围捕行动，最终于2012年4月在码头将其抓捕归案。
经过与泰国方面的交涉，最终同意此次事件的相关人员在中国审理。最终大毒枭糯康被判处死刑，于2013年3月1日执行。
在电影中披露的线人以及破案经过，是真实事件中没有披露的部分。所以没有人知道真实情况是否如电影里所说。
但是电影中一个小队只身前往的过程是艺术加工的结果，真实情况是派去了200人的精锐。电影中还有警察独自一人面对众多毒贩追击的场景，在真实情况中大概是不可能躲过密集的枪林弹雨的。
电影让人更加了解故事的背景，而关与故事内部的细节是艺术加工的结果，不可都当作是真的。
