存货在采购过程中发生的物质损毁损耗，有合理和不合理之分。
1、合理损耗如何进行会计处理，是否计入存货成本，主要是看企业的性质。如果是一般工业企业购入存货，则运输途中的合理损耗部分要计入存货的实际采购成本。根据企业存货的具体核算方法不同，具体分为：当企业采用实际成本法核算时，计入“原材料”科目，当企业采用计划成本法核算时，合理损耗部分计入“材料采购”科目，计划成本法下由于“原材料”科目核算的是计划单位成本乘以实际入库数量，所以“原材料”科目中不含合理损耗部分，入库时最终是将合理损耗部分计入了“材料成本差异”科目。按照新会计准则，对于商品流通企业购货途中的合理损耗也应计入存货成本，不再计入当期损益。
2、企业在采购过程中发生的除合理损耗之外的物资毁损、短缺等，应区别不同情况进行会计处理：
（1）可以从供应单位、外部运输机构等收回的物资短缺或其他赔款，应冲减物资的采购成本。
（2）因遭受意外灾害发生的损失和尚待查明原因的途中损耗，不得增加物资的采购成本，应暂作为“待处理财产损溢”进行核算，待查明原因后分别处理，或结转计入“其他应收款”科目，或计入“营业外支出”科目，或计入“管理费用”科目等。
