1、参保对象不同。
农村合作医疗保险的参保对象主要是我国农民（农业户口）的人群；城镇医疗保险的参保对象是城镇非从业的居民；职工医疗保险的参保对象是用人单位所雇佣的职工为参保对象。
2、筹资模式不同。
农村合作医疗保险的筹资模式为个人缴费、集体扶持和政府资助；城镇医疗保险的筹资模式是居民个人缴费为主，政府适度补助为辅。职工医疗保险的筹资模式是用人单位和个人缴费、政府补贴等组成。
3、缴费标准不同。
农村合作医疗保险如全国平均个人缴费标准达到每人每年120元左右；城镇医疗保险其他非从业城镇居民个人缴纳医疗保险费330元；职工医疗保险缴费标准依据当地的社保缴费基数来确定，每年均不相同。
4、报销比例不同。
农村合作医疗保险自2013年起，政策范围内住院费用报销比例提高到75%左右；城镇医疗保险报销比例约在55%-65%左右；职工医疗保险比例不同地区以及不同级别医院比例不尽相同，如北京住院为三级医院，最高报销比例可达90%。
参考资料来源：百度百科-新型农村合作医疗
参考资料来源：百度百科-城镇医疗保险
参考资料来源：百度百科-基本医疗保险
参考资料来源：百度百科-医保报销比例
