修改后的《刑事诉讼法》第49条规定，公诉案件中被告人的举证责任由人民检察院承担，自诉案件中被告人的举证责任由自诉人承担，这是此次刑诉法修改的新规定。举证责任事关刑事诉讼各方证据责任的分配及诉讼利益，对此应予充分重视并正确把握。
一、举证责任与证明责任
法谚曰：“证明责任乃诉讼的脊梁”，证明责任和举证责任理论都是刑事证据制度的基础理论。就学界研究现状来看，关于证明责任与举证责任这两个概念的认识存在分歧。一般认为，证明责任分为提出证据的责任与结果责任，前者又称为主观证明责任，渊源于罗马法“举证义务存于主张之人，不存于否认之人”。而后者又称为客观证明责任，主要解决当待证事实真伪不明时，由谁承担败诉的风险。
新《刑事诉讼法》第49条第一次在我国明确了刑事诉讼中证明责任的分担问题，弥补了法律规定上的空白，使得刑事证据制度更加合理，刑事证明体系更加完备。但值得注意的是，立法机关在表述证明责任分配时使用了“举证责任”而不是“证明责任”的表述方式，这并非无意为之，而是有意之举。立法机关主要考虑到以下两点：一方面，使用“举证责任”的表述方式是与《民事诉讼法》和《行政诉讼法》的规定保持一致；另一方面，人民法院在刑事审判过程中承担了一部分补充、审查、核实证据的义务。根据《刑事诉讼法》第191条的规定，合议庭在庭审过程中对证据有疑问的，可以宣布休庭并对证据进行调查核实，人民法院可以采取勘验、检查、查封、扣押、鉴定和查询、冻结等措施。在修法过程中反复多次强调之所以使用“举证责任”，主要考虑到“不能否定法院客观全面审查证据的义务”。因此笔者认为，不能以国外举证责任的含义套用我国，新《刑事诉讼法》举证责任的含义具有中国特色。
二、中国的刑事举证责任分配规则
（一）人民检察院承担举证责任
新刑诉法（下为新法）第49条明确在公诉案件中，由人民检察院承担证明被告人有罪的责任，这也是我国刑事司法实践的一贯做法。在公诉案件普通程序中，由人民检察院承担举证责任，学界一般不持异议，但此次刑事诉讼法修改极大地完善了我国的审判程序，例如要求简易程序公诉人出庭，新增了非法证据排除程序和特别程序。结合第49条的基本精神，我们应对“公诉案件”做扩大化解释。
第一，在简易程序中，由于新法第210条规定适用简易程序审理公诉案件，人民检察院应当派员出席法庭。因此，公诉人在简易程序中承担的不仅仅是法律监督职能，而是扮演支持公诉和监督诉讼的双重角色，新法第49条当然适用于简易程序审理的案件。第二，在非法证据排除程序中，新法第57条规定在对证据收集的合法性进行法庭调查的过程中，人民检察院应当对证据收集的合法性加以证明。该条与第49条的立法精神一致，在实体性事项审理程序和程序性事项审理程序中，都应由人民检察院承担举证责任。在非法证据排除程序中，人民检察院可以采取提供讯问笔录、讯问时的录音录像以及体检记录等证明手段。第三，法律没有明确规定人民检察院在特别程序中的举证责任。特别程序仍是刑事诉讼程序的组成部分，只不过与公诉案件普通程序相比，各个特别程序在适用主体、审理对象和审理方式等方面各有不同，但这并不否认人民检察院所需承担的举证责任，新法第49条当然适用于特别程序。例如在犯罪嫌疑人、被告人逃匿、死亡案件违法所得的没收程序中，根据新法第281条的规定，没收违法所得的申请，由犯罪地或者犯罪嫌疑人、被告人居住地的中级人民法院组成合议庭进行审理，该条规定体现了判决前财产没收程序的慎重性，既然人民法院要组成合议庭，人民检察院理应承担举证责任并派员出庭。再如在精神病人的强制医疗程序中，根据新法第286条的规定，人民法院受理强制医疗的申请后，如果发现被申请人或者被告人没有委托诉讼代理人的，应当通知法律援助机关指派律师为其提供法律帮助，同时还应组成合议庭进行审理。人民检察院同样也应派员出庭并承担举证责任。
另外，对于人民检察院而言，虽然在公诉案件中要承担证明被告人有罪的举证责任，但立法并不否认人民检察院同时要承担证明被告人有罪、无罪、罪轻和罪重的责任，这是人民检察院作为法律监督机关的基本要求。
（二）人民法院承担补充性的证明责任
“补充性的证明责任”是指人民法院在公诉案件刑事审判过程中，在检察机关提供证据使案件处于真伪不明的状态时，所负有的收集并运用证据查证确认案件事实的责任。该责任有以下几个特点：第一，法定性。在刑事诉讼中，当人民检察院对案件事实的证明达到真伪不明的状态时，《刑事诉讼法》规定合议庭不能直接判决被告人有罪，而应对有疑问的证据做进一步调查核实。此时的“证明责任”由人民检察院和人民法院共同承担，人民检察院承担主要的证明责任，人民法院承担补充性的证明责任；如果经调查核实后，仍不能排除疑问，人民法院则应作出无罪判决，此时是由人民检察院承担败诉的后果。这里的法律依据包括新法第191条规定法庭审理过程中，合议庭对证据有疑问的，可以宣布休庭，对证据进行调查核实。第195条规定在被告人最后陈述后，审判长宣布休庭，合议庭进行评议，根据已经查明的事实、证据和有关的法律规定，分别作出判决。第二，补充性。基于控审分离原则，人民检察院要对公诉的案件承担“举证责任”，这是其诉讼地位和诉讼职能使然，只有在合议庭对证据有疑问的前提下，人民法院才承担“补充性的证明责任”。在司法实践中，“对证据有疑问”主要是指合议庭在法庭审理过程中，认为公诉人、辩护人提出的主要证据是清楚、充分的，但某个证据或者证据的某一方面存在不足或者相互矛盾，如对同一法律事实，公诉人、辩护人各有不同的物证、书证、证人证言或者鉴定意见等证据的情形。在这种情况下，不排除疑问，就会影响定罪或者判刑，但是，控辩双方各执一词，法庭无法及时判定真伪，在这种情况下，有时就需要先宣布休庭，对证据进行调查核实。第三，实践合理性。人民法院“补充性的证明责任”在1996年《刑事诉讼法》中就已确定，这被认为是我国审判实践中的优势和特点，目的是为了有效地打击犯罪，维护社会的安定，体现实事求是的精神。因此，人民法院承担的“补充性的证明责任”源于中国刑事司法实践的客观需要，新法第53条确立的“证据确实、充分”的证明标准，充分反映了三机关对实体真实的追求，这都要求我们不能简单移植英美法系国家的证明责任制度，立法必须回应司法实践的客观需要。
（三）被告人不承担举证责任
在理论研究中，对于被告人是否承担举证责任一直存在争议。笔者认为在刑事诉讼程序中，被告人在任何情况下都不应当承担举证责任，新法的制定过程从不同角度佐证了这一观点。
第一，在公诉案件普通程序中被告人不承担举证责任。早在2011年8月颁布的刑诉法修正案草案征求意见稿第48条中曾规定，公诉案件中被告人有罪的举证责任由公诉机关承担，并附有但书法律另有规定的除外。最初设立的但书条款是作了一个兜底规定，目的是防止遗漏被告人承担举证责任的情形。但在修法讨论和征求意见过程中，有人提出这违背了无罪推定的精神，有强迫被告人自证其罪之嫌，随后的二审稿即删除了“但是，法律另有规定的除外”的表述方式。
第二，在非法证据排除程序中被告人不承担举证责任。在2011年8月颁布的刑诉法修正案草案征求意见稿和2011年12月颁布的二次审议稿中，都规定由人民检察院对证据收集的合法性加以证明，同时当事人及其辩护人、诉讼代理人申请排除以非法方法收集的证据的，应当提供相关线索或者证据。“提供相关线索或者证据”的表述方式来自于《关于办理刑事案件排除非法证据若干问题的规定》第6条：“被告人及其辩护人提出被告人审判前供述是非法取得的，法庭应当要求其提供涉嫌非法取证的人员、时间、地点、方式、内容等相关线索或者证据。”最高人民法院认为，由控诉方而不是被告人承担证明责任已经成为世界各国的通例，被告人无须举证证明自己有罪，这是无罪推定原则的必然要求。第6条中“线索或者证据”并不是被告人及其辩护人所必须负担的证明责任，而仅是提出线索和证据以启动程序，具体包括被告人出示的血衣、伤痕、照片、医疗证明、伤残证明、讯问笔录、同监人的证明等刑讯逼供留下的痕迹或者可以显示刑讯逼供发生的时间、地点、方式、内容及涉嫌非法取证的人员等情节的线索或者证据。考虑到保留“提供证据”的表述方式偏离了立法的原意，而且在司法实践中可能会误导实务工作人员，故新法第56条规定“申请排除以非法方法收集的证据的，应当提供相关线索或者材料”。
第三，新法第40条不是被告人及其辩护人的举证责任。新法第40条规定：辩护人收集的有关犯罪嫌疑人不在犯罪现场、未达到刑事责任年龄、属于依法不负刑事责任的精神病人的证据，应当及时告知公安机关、人民检察院。该条不能理解为辩方的举证责任。实际上这是当代国际通例中辩方向控方的开示义务，由于我国采用案卷移送而非证据开示制，故强调辩方的告知义务。及时告知上述三种情形中被告人无罪材料，可以使无罪的被告人尽早免除被追诉的不利境地，有利于被告人的人权保障。
