从莲的构造看，它虽属于双叶植物，却具有古老植物中单子叶植物的形态特性。通常双子叶植物的实生苗的子叶是对生的，很少是互生，而莲子内的两枚子叶则呈互生排列，且茎部合生。双子叶植物茎内的维管束为环状排列，而莲则像单子叶植物那样分散排列。莲的叶脉除一根返到叶夹者外，其余都是二歧式分枝叶脉，这又是一种原始性状。不仅如此，莲的实生苗还有直立的茎轴和未发育的主根，这是曾在陆地上生活过的植物，为了适应水生环境，才出现的形态变化。同时，水生植物的莲，还保持了陆生高等植物空中传粉的“要求”。这就证明了莲的祖先曾在陆地上生活过，后来为了适应水生环境的需要，某些器官产生了比较大的简化或退化(如根部的退化)。总之，莲所保持的原始性状，在植物进化系统上具有很高的研究价值。有人曾把它和水杉相提并论，称之为“中国的两种绝妙植物”。
