增值税、消费税。国家方面制定了专门的保税物流中心(B型)税收优惠政策。
首先，物流中心外的企业报关进入物流中心的货物视同出口，将由海关办理出口报关手续，签发出口货物报关单，企业可以凭出口报关单及其他相关规定凭证，向主管退税机关申请办理出口的退(免)税;如果物流中心以外的企业从物流中心运出货物，那么海关按照对进口货物的有关规定，办理其报关进口手续，并且对报关的货物按照现行进口货物的有关规定征收或免征进口环节的增值税、消费税。
对物流中心内的企业在物流中心内加工的货物，凡是货物直接出口或直接销售给物流中心内其他企业的，都免征增值税、消费税。对物流中心企业之间或者是物流中心与出口加工区之间的货物交易、流转，免征流通环节的增值税、消费税。
企业所得税：符合条件的小型微利企业减按20%的税率征收企业所得税的税收优惠政策，这对于提高物流企业的竞争力具有积极作用。
出口退税。物流中心外的企业销售给物流中心内的企业、并且运入物流中心使用的国产设备、原材料、零部件、元器件、包装物料，以及建造的基础设施、加工企业和行政管理部门生产、办公用房的基建物资，物流中心外的企业可以凭海关签发的出口货物报关单和其他规定的出口退税凭证，向税务机关单位申报办理退(免)税。
