主要的区别是自然人要承担无限责任，有限合伙是按入投的份额承担责任。
《国家税务总局关于〈关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定〉执行口径的通知》（国税函〔2001〕84号）第二条规定，关于个人独资企业和合伙企业对外投资分回利息、股息、红利的征税问题：
个人独资企业和合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。以合伙企业名义对外投资分回利息或者股息、红利的，应按《通知》所附规定的第五条精神确定各个投资者的利息、股息、红利所得，分别按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。
根据《合伙企业法》第二条：普通合伙企业由普通合伙人组成，合伙人对合伙企业债务承担无限连带责任。
第三条：国有独资公司、国有企业、上市公司以及公益性的事业单位、社会团体不得成为普通合伙人。
“普通合伙人”合伙人共同出资、共同经营、共享收益、共担风险，合伙人对合伙债务负无限连带责任。“有限合伙人”不得以劳务对合伙企业出资，不执行合伙事务，不对外代表合伙组织，只按出资比例分享利润和分担亏损，并仅以出资额为限对合伙债务承担清偿责任。
一家企业既有普通合伙人又有有限合伙人,是根据他们在入股前的约定，公司股东的责任范围来划分的。股票市场上的股票买者一般都是有限合伙人。关于企业里的董事会成员是普通合伙人还是有限合伙人，主要还是看公司股东的责任范围来决定的。按公司股东的责任范围来分，公司可分为无限责任公司、两合公司、股份两合公司、股份有限公司和有限责任公司。无限责任公司，全体股东对公司债务负连带无限责任；两合公司，部分无限责任股东和部分有限责任股东共同组成；有限责任公司是股东以其出资额为限对公司承担责任，公司以全部资产对公司的债务承担责任。
