分公司不是独立法人，子公司是独立法人，因此在企业所得税上缴纳上有区别。但在增值税，房产税和土地使用税上都是在机构所在地缴纳。
1、企业所得税的规定
（1）税款缴纳
对于子公司，根据新企业所得税法的规定，子公司应当单独计算应纳税额，在注册地缴纳税款，并适用按月（或季）预缴、年底汇算清缴的规定。
对于分公司，新企业所得税法规定了法人汇总纳税的制度，对于居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。因此，设立为分公司后，在企业所得税的征管上执行跨地区汇总缴纳企业所得税的规定。
（2）所得税审批及备案事项
因子公司属于法人企业，与其相关的企业所得税审批、备案事项（资产报损、设备抵税等），由子公司自行收集整理资料，向当地所得税主管税务机关申请即可。
因分公司不属于法人企业，与其相关的企业所得税审批、备案事项（资产报损、设备抵税等），应由总机构收集整理资料，并向总机构所在地所得税主管税务机关申请。
2、其他税种的影响
增值税上，根据《增值税暂行条例》有关纳税地点的规定：固定业户应当向其机构所在地的主管税务机关申报纳税；总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税。因此，无论设立成子公司还是分公司，都需在机构所在地缴纳增值税。
其他地税，如房产税、土地使用税，根据现行政策规定，房产、土地均需在资产所在地纳税；而个人所得税也应在企业生产经营当地缴纳。因此，无论设立成子公司还是分公司，对项目所在地的地税基本不产生影响。
【政策依据】
《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发[2008]28号）第十八条规定：企业应根据当期实际利润额，按照本办法规定的预缴分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税预缴额，分别由总机构和分支机构分月或者分季就地预缴。
《增值税暂行条例》第二十二条第一款规定：固定业户应当向其机构所在地的主管税务机关申报纳税。总机构和分支机构不在同一县(市)的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税；经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。
