由于时间关系和不了解具体情况，大致看了一下你给的链接。
文章主要是从并购角度谈的纳税筹划，对于你们分公司转为子公司还是不太适合。你目前的问题是工商问题，即工商不允许你们直接从分公司转为子公司，其他再筹划都是在没有政策支持的基础上的空谈。
关于工商的规定，我相信你们那儿工商的答复是比较权威的。国家有些规定还是给地方留出操作余地。例如，国家规定可以债权转股权，但山东省就不可以。（实际操作中我遇到的个案）。
现在，你们不是分析人家案例是否正确的问题，而是在你处是否可行，如果不可行，其他都没有继续的必要了。
另外，企业设立的增值税筹划主要是：
1.企业身份选择
人们通常认为，小规模纳税人的税负重于一般纳税人，但如果你是高科技企业，增加值比较高，选择小规模纳税人更合算。
2.企业投资方向及地点
我国现行税法对投资方向不同的企业制定了不同的税收政策。如，粮食，食用植物油等适用13%的低税率；利用城市生活垃圾生产的电力实行即征即退政策。等等，主要是利用税收优惠政策。
投资者选择地点时，也可充分利用国家对某些特定地区的税收优惠政策。例如保税区内的生产企业从区外有进出口经营权的企业购进原材料、零部件等加工成产品出口的，可按保税区海关出具的出境备案清单，以及其他规定的凭证，向税务机关申请办理免、抵、退。
