《财政部、国家税务总局关于印发〈关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定〉的通知》（财税〔2000〕91号）附件1《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》第五条规定，个人独资企业的投资者以全部生产经营所得为应纳税所得额；合伙企业的投资者按照合伙企业的全部生产经营所得和合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额，合伙协议没有约定分配比例的，以全部生产经营所得和合伙人数量平均计算每个投资者的应纳税所得额。
前款所称生产经营所得，包括企业分配给投资者个人的所得和企业当年留存的所得（利润）。
第十六条规定，企业进行清算时，投资者应当在注销工商登记之前，向主管税务机关结清有关税务事宜。企业的清算所得应当视为年度生产经营所得，由投资者依法缴纳个人所得税。
前款所称清算所得，是指企业清算时的全部资产或者财产的公允价值扣除各项清算费用、损失、负债、以前年度留存的利润后，超过实缴资本的部分。
根据上述规定，企业的清算所得应当视为年度生产经营所得，由投资者依法缴纳个人所得税。合伙企业的投资者按照合伙企业的全部生产经营所得和合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额，合伙协议没有约定分配比例的，以全部生产经营所得和合伙人数量平均计算每个投资者的应纳税所得额。其中，清算所得，是指企业清算时的全部资产或者财产的公允价值扣除各项清算费用、损失、负债、以前年度留存的利润后，超过实缴资本的部分。
投资者兴办的企业中含有合伙性质的，投资者应向经常居住地主管税务机关申报纳税，办理汇算清缴，但经常居住地与其兴办企业的经营管理所在地不一致的，应选定其参与兴办的某一合伙企业的经营管理所在地为办理年度汇算清缴所在地，并在5年内不得变更。5年后需要变更的，须经原主管税务机关批准。
上述扣缴申报办法中应税所得范围不包括个体工商户的生产、经营所得（合伙企业类同），对企事业单位的承包经营、承租经营所得。对取得上述所得的单位和个人没有法定的扣缴义务人。
因此，合伙企业中自然人合伙人为个人所得税纳税人，而合伙企业并不是扣缴义务人。财税〔2000〕91号文件第二十条规定，由合伙企业申报缴纳投资者的个人所得税，是出于方便征管的需要，但不能视为代扣代缴，该条款要求投资者向主管税务机关申报纳税。因此，合伙企业只是代为申报缴纳。
