"战区"的编制原为军事委员会为抗日所作的军事作战部署，抗战前夕为五个战区，至1945年增至十二个战区。这些战区分别受到各地行营指导作战。
抗日战争时期，国民政府以国民政府军事委员会为最高统帅部，以蒋介石为陆海空军大元帅，统一指挥全国陆、海、空军。行政院所属的军政部、海军部，归军事委员会兼管。
1945年后，各战区陆续取消或改制。
1937年8月20日，军事委员会颁布战区及战斗序列，成立五个战区:
第一战区为河北及鲁北地区，司令长官由蒋介石兼，下辖第一、二、十四集团军;第二战区为晋察绥地区，司令长官为阎锡山，下辖第六、七、十八集团军(八路军);第三战区为京沪杭地区，司令长官为冯玉祥(后改由蒋介石兼)，下辖第八、九、十、十五、十九集团军;第四战区为闽粤地区，司令长官为何应钦，下辖第四、十二集团军;第五战区为鲁南及苏北地区，司令长官由蒋介石兼(后改为李宗仁)，下辖第三、五集团军;另将西南各省部队编为一、二、三、四四个预备军，随时听候调遣。1937年9月17日，军事委员会划津浦路北段为第六战区，以冯玉祥为司令长官。1937年10月26日，增设第七战区，以刘湘为司令长官，下辖第八、十五、二十三集团军，在长江下游沿岸布防。1938年2月，军事委员会重新划分战区。
第一战区，司令长官为程潜，在平汉路作战;第二战区，司令长官为阎锡山，在山西作战;第三战区，司令长官为顾祝同，在苏浙作战;第四战区，司令长官为何应钦，在粤桂作战;第五战区，司令长官为李宗仁，在津浦路作战;第六、第七战区撤销，增设第八战区，司令长官由蒋介石兼，守备甘宁青地区。1938年6月14日，增设第九战区，以陈诚为司令长官，组织武汉保卫战。1938年11月军令部在南岳召集军事会议。会议决定撤销广州、重庆、西安行营，增设直属于军事委员会的战地党政委员会，并根据战局变化对战区进行了调整。
第一战区，辖河南及安徽一部，司令长官为卫立煌(1947年3月改编为西安绥靖公署);第二战区，辖山西及陕西一部，司令长官为阎锡山(1948年改制为太原绥靖公署);第三战区，辖苏南、皖南及浙闽两省，司令长官为顾祝同;第四战区，辖广东、广西两省，司令长官为张发奎;第五战区，辖皖西、鄂北及豫南，司令长官为李宗仁;第八战区，辖甘宁青及绥远一部，司令长官为朱绍良(后改制为西北军政长官公署);第九战区，辖鄂南及湘赣两省，司令长官为陈诚(由薛岳代理);第十战区，辖陕西省，司令长官为蒋鼎文;另设鲁苏战区、冀察战区两个游击战区，分别以于学忠、鹿钟麟为总司令。因南北战区相距数千里，难于统一指挥，1938年12月，军事委员会设立桂林行营、天水行营，分任西南、西北各战区的作战指挥。
桂林行营统辖第三、四、九战区，天水行营统辖第一、二、五、八、十战区及鲁苏、冀察战区。1939年2月，撤销重庆行营，改在成都及西昌分别设立成都行辕和西昌行辕。10月，恢复设置第六战区，以陈诚为司令长官。12月，增设昆明行营。1940年4月，撤销桂林行营、天水行营。5月15日，撤销第十战区。1945年1月，军事委员会再次调整战区及战斗序列，撤销第四战区、鲁苏战区，恢复设置第十战区(1945年10月改为衢州绥靖公署，1949年1月18日改为福州绥靖公署)，增设汉中行营(即后来的华北剿总)、赣州行辕。抗日战争胜利前后，重庆国民政府在军事上采取了一系列紧急措施，主要是为了接收日本占领区与对抗中国共产党做好准备。
1945年6月26日，增设第十一战区(后来的保定绥靖公署)、第十二战区(后来的张垣绥靖公署)，分别以孙连仲、傅作义为司令长官，准备接收华北。8月15日，日本宣布无条件投降。9月9日，蒋介石划中国战区为15个受降区，由中国国民党所属部队分别接收侵华日军128万余人投降。其中，第十一战区接收平津和冀鲁，第十二战区接收热河、绥远和察哈尔。军事委员会于1945年9月设立北平行营(也就是后来的华北剿总)、东北行营(后来的东北剿总)。10月，撤销昆明行营。12月，设立武汉行营(后来的华中剿总)。1946年3月，设立西北行营(后来的西北军政长官公署)。4月，撤销成都行辕，改设重庆行营。
