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内部审计是完善公司治理机制的重要内容 内部控制能否有效运行，与公司治理是否完善有很大关系。只有在完善的公司治理环境中，一个良好的内部控制系统才能真正发挥它的作用，提高企业的经营效率与效果，并加强信息披露的真实性；反之，若没有科学有效的公司治理结构，无论设计如何有效的内部控制制度也会流于形式而难有好的效果。其次，公司治理中一些内容也属于内部控制，如组织规划控制实际上就包括两个层面：一是公司内部治理结构即股东大会、董事会、监事会、经理等之间的组织规划，二是经理领导的内部管理机构、岗位和人员之间的组织规划。前一个层次实际上是公司治理问题。因此，内部控制与公司治理内容上有一些重合的地方。
规范的企业治理结构，关键要看董事会能否充分发挥作用。但在多数中小企业中法人治理结构不够完善，甚至是有形无实，多数中小企业的董事长和总经理由一人兼任，由此可见，董事会在很大程度上掌握在内部人手中。应该作为所有者产权代表的董事会，既不能充当企业所有者的代言人和“守护神”，又不能代表所有者对经营者进行有效监督。这种责权不分的企业治理结构，导致所有者对经营者不能实施控制，作为代表公司股东的控制主体—董事会也就形同虚设。
企业治理中应明确划分股东大会、董事会和经理层的权、责、利，通过有效的约束机制减少或消除内部人员控制行为，从制度和程序上使各层次的组织均拥有不同的权限，相互制衡，保证层层控制企业的生产经营活动，保证企业正确地进行经营决策和经营计划的实施，才能使内部人员的行为遵循规范，为企业内部控制的有效实施提供根本保障。
一般而言，内部审计要满足以下需求：股东和股东大会代表机构对公司经营状况的了解，以防范决策风险；管理层对管理、控制薄弱环节的客观反映，以规避经营风险；外部审计和监管机构对公司内部控制状况的评估，以减小投资风险。可见，在补充与加强内部监督的同时，内部审计可以弥补外部审计在实现公司治理功能方面的不足。
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