清廉指数是“透明国际”即全球反腐败非政府组织发布的评价各国和地区腐败状况的重要指数，它是一种基于主观问卷调查得出的腐败测评结果，是一个反映人们感知腐败程度的主观测评体系。
国家清廉指数是通过如下方法得出的：
1.获得清廉指数的测评数据。清廉指数使用的测评数据并不是透明国际开展调查所获得的第一手数据，而是综合了多份有关调查报告经过数据处理得到的。其得出有两个重要阶段:一是测评数据的选择和使用，二是对测评数据的技术处理。
2.求出清廉指数。2012年之前，清廉指数主要采取百分比匹配法进行标准化处理，是利用新的报告数据和前一年的清廉指数进行匹配测定，因此只有在新的报告数据和前一年清廉指数都被列入的国家才能进入新一年的清廉指数测评。测评数据主要选自一些独立机构的调查报告，主要有两方面要求：一是所选报告的腐败指标必须对国家间进行了量化评价；二是所选报告的腐败指标必须是与腐败高度相关的。
2012年开始，清廉指数测评开始运用新计算方法，即简单平均法。将原来的10分制改为100分制，变化主要体现在报告数据来源选取的变化和简单平均法的应用上。
首先是数据来源选取标准的提高，报告数据必须来源于专业机构、反映的必须是公共部门的腐败问题、要有定量差距、对于各个国家的评分必须是在统一标准下进行的、应当是连续的。
其次是简单平均法的数据处理过程。透明国际认为，简单平均法是在现阶段清廉指数的最佳改革方法，该方法使得清廉指数具有了连续可比性，数据处理过程不再与前一年的得分结果相联系。
说明，清廉指数的测评方法存在着缺陷。
首先，是数据来源的局限性。第一，所选报告的调查对象范围多为专家和商业人士。商业人士为什么能够成为评价腐败程度的主体，这个问题在有关报告中没有给出具有说服力的解释，我们不能认为那些具有跨国经营管理经历的商人更了解他国的腐败状况；第二，所选报告大多没有提供调查样本数量和规模，这降低了有关报告中腐败评价结果的可信度。例如在2010年清廉指数所选的所有报告中样本数量最多的为13000份左右，而亚洲情报通讯报告的调查样本仅为1750人，这样的调查规模却要对全世界各个国家的腐败状况进行测评，显然缺乏科学性。第三，所选报告被测评的国家数量差距很大，这就隐含了国家评价标准的不一致性。
其次，是计算方法及结果展示的局限性。清廉指数的本质是对二手数据的加工应用，因此，不管如何改进，都无法改变计算方法使用二手数据可能存在缺陷的本质问题。虽然透明国际意识到百分比匹配法所存在的巨大缺陷，而改用简单平均法，但仍然没有解决数据来源的权重问题。
