两者的区别非常大，主要区别如下：
公共营养师系从事公众膳食营养状况的评价与指导、营养与食品知识传播，促进社会公众健康工作的专业人员。
公共营养师主要从事两方面的工作：
第一，面向群体进行营养知识的宣传普及工作;
第二，针对个体进行营养膳食的指导。其服务的人群以健康、亚健康和慢性疾病的非住院病人为主，同时入门条件比较低，高中或高中以上学历即可。临床营养师则必须具备医学教育背景，服务对象以住院病人为主，作为临床治疗的辅助出现。基于公共营养师的职业特点，在工作中无法按照临床营养师的工作方式进行。其中最突出的问题就是服务的对象是非住院病人，如果严格地遵守营养计算与配餐的原则，多数的服务对象会选择放弃，因为营养与美味的矛盾问题尚未完全解决。
其次，如何帮助服务对象建立科学的健康管理模式应贯穿教学的始终。营养师的工作不仅是针对服务对象的特点开出个性化的食谱，更主要的是帮助其形成并习惯于一种新的、科学的生活方式，也就是将营养、美味和运动结合在一起的生活方式。
公共营养师的服务对象多为非住院病人的健康或亚健康人群，提倡食物的美味是其工作中首先考虑的问题。饮食多样化、平衡膳食是建立在美味的基础上实施的。例如对于已经适应高脂膳食的个体，简单地降低脂类在食物中的比例，势必影响口感，使得被服务对象产生抵触心理。对于膳食中的脂类，我们的最终目标不是降低其摄入量，更关键的是降低过多的脂类所产生的副作用。因此，能否找到一种或一类食品，即可以抑制消化系统对脂类的消化和吸收，同时缩短其在肠管中的停留时间是关键点。通过动物实验证明，膳食纤维具有这种属性，也就是利用膳食纤维的持水性和包裹性，最大限度解决营养与美味的结合问题。再比如食盐摄入超标的问题，食盐在调味过程中所起的作用至今未找到合适的替代物，单纯通过营养宣教来减少食盐的摄入量收效甚微，且不易持久。
再次，对于公共营养师的营养宣教能力训练不可偏废。通过带领学员深入南通各个街道、社区以及大型企事业单位进行营养方面的公益讲座后发现，这是营养师自我宣传的良好途径，不仅仅是个人的讲座水平获得提高，更重要的是从听众中能获取相当大一部分数量的潜在服务对象，基本能解决营养师本身的生计问题。
公共营养师培训目前仍属技能培训，在很短的培训周期无法解决诸如解剖、生理、病理生理以及内、外、妇、儿等科的专业问题。我们采取的做法的将常见的营养性疾患归为三类，针对每一类为学员制定统一的傻瓜流程，这三类疾患分别是体重异常、脂类代谢异常和糖尿病。
