只要你是按发票使用规定开具的发票，对方认不认证、入不入账和个人公司没有关系，税务查到也是接受方问题，对个人公司没有影响。
增值税专用发票认证的过程：
取得增值税专用发票的一方持发票抵扣联到主管税务机关，在税务机关的扫描仪上扫描，计算机读取票面上的密文，与票面上的七项数据（发票代码、发票号、开票日期、购纳税人识别号、销方纳税人识别号、金额、税额）进行比对，比对一致后，将数据传入国家税务总局的增值税发票比对系统数据库。
数据将在那等待90天，等待销售方抄报税的数据资料并与之进行比对。比对一致则通过；不一致或没有相对应的发票数据可比对，则自动将该信息转到未通过的数据库中。税务稽查就会根据转来的认证发票上的信息找到开出和取得发票的双方，查实原因并做出相应的处罚。
增值税专用发票的认证，是国家金税工程的组成部分之一。
扩展资料：
对既不符合作废条件，同时购买方又未收到的增值税专用发票出现开票有误的情况，开票方只能是在规定的期限内，自己向主管税务机关申请并按规定重新开票。《国家税务总局关于修订增值税专用发票使用规定的补充通知》（国税发〔2007〕18号）规定了以下两种情况：
（一）因开票有误购买方拒收专用发票的，销售方须在专用发票认证期限内向主管税务机关填报申请单，并在申请单上填写具体原因以及相对应蓝字专用发票的信息，同时提供由购买方出具的写明拒收理由、错误具体项目以及正确内容的书面材料，主管税务机关审核确认后出具通知单。销售方凭通知单开具红字专用发票。
（二）因开票有误等原因尚未将专用发票交付购买方的，销售方须在开具有误专用发票的次月内向主管税务机关填报申请单，并在申请单上填写具体原因以及相对应蓝字专用发票的信息，同时提供由销售方出具的写明具体理由、错误具体项目以及正确内容的书面材料。
参考资料：百度百科-增值税认证
