车辆在六年免检期内，超过两年的年检合格有效期上路行驶也是会进行处罚的。
根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十五条 上道路行驶的机动车未悬挂机动车号牌，未放置检验合格标志、保险标志，或者未随车携带行驶证、驾驶证的，公安机关交通管理部门应当扣留机动车，通知当事人提供相应的牌证、标志或者补办相应手续，并可以依照本法第九十条的规定予以处罚。
当事人提供相应的牌证、标志或者补办相应手续的，应当及时退还机动车。故意遮挡、污损或者不按规定安装机动车号牌的，依照本法第九十条的规定予以处罚。
扩展资料：
《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第十六条 机动车应当从注册登记之日起，按照下列期限进行安全技术检验：
1、营运载客汽车5年以内每年检验1次；超过5年的，每6个月检验1次；
2、载货汽车和大型、中型非营运载客汽车10年以内每年检验1次；超过10年的，每6个月检验1次；
3、小型、微型非营运载客汽车6年以内每2年检验1次；超过6年的，每年检验1次；超过15年的，每6个月检验1次；
4、摩托车4年以内每2年检验1次；超过4年的，每年检验1次；
5、拖拉机和其他机动车每年检验1次。
营运机动车在规定检验期限内经安全技术检验合格的，不再重复进行安全技术检验。
参考资料来源：中国政府网——中华人民共和国道路交通安全法
