一、南京二手房过户费用如下：
1、登记费
住房，权利人按80元/套；非住房，550元/套。
2、转让手续费
住宅按6元/平方米缴纳，双方各承担50%；非住宅按18元/平方米缴纳，双方各承担50%。
3、契税
首次购买面积90平方米(含90平方米)以下的普通住宅按成交价格的1%缴纳，首次购买90平方米以上，144平方米(含144平方米)以下的普通住宅按成交价的1.5%缴纳。其它全按成交价的3%缴纳。
普通住宅的标准满足以下条件：住宅小区建筑容积率在1.0以上(含1.0)，单套建筑面积在144平方米以下(含144平方米)。
144平方米以上属非普通住宅，按成交价格的3%缴纳。
4、营业税
普通住宅，未满2年按全额的5.65%缴纳，2年外免征；非普通住宅，未满2年按全额的5.65%缴纳，2年外按差额的5.65%缴纳；商业用房按差额5.65%缴纳。
5、个人所得税
个人出售家庭唯一住房满五年免征，其它按差额的20%或是全额的1%缴纳。
6、土地出让金
划拨住宅用地转让的按成交价1%缴纳。
7、印花税
产权证按件贴花每件5元缴纳。
8、工本费
核发一本证书的免交；其它每增加一本证书，按10元/本缴纳。
二、依据《房屋登记办法》规定：
第四条
房屋登记，由房屋所在地的房屋登记机构办理。
第十三条
共有房屋，应当由共有人共同申请登记。
共有房屋所有权变更登记，可以由相关的共有人申请，但因共有性质或者共有人份额变更申请房屋登记的，应当由共有人共同申请。
第三十三条
申请房屋所有权转移登记，应当提交下列材料：
（一）登记申请书；
（二）申请人身份证明；
（三）房屋所有权证书或者房地产权证书；
（四）证明房屋所有权发生转移的材料；
（五）其他必要材料。
前款第（四）项材料，可以是买卖合同、互换合同、赠与合同、受遗赠证明、继承证明、分割协议、合并协议、人民法院或者仲裁委员会生效的法律文书，或者其他证明房屋所有权发生转移的材料。
三、依据《城市房地产转让管理规定》第七条
房地产转让，应当按照下列程序办理:
(一)房地产转让当事人签订书面转让合同;
(二)房地产转让当事人在房地产转让合同签订后90日内持房地产权属证书、当事人的合法证明、转让合同等有关文件向房地产所在地的房地产管理部门提出申请，并申报成交价格;
(三)房地产管理部门对提供的有关文件进行审查，并在7日内作出是否受理申请的书面答复，7日内未作书面答复的，视为同意受理;
(四)房地产管理部门核实申报的成交价格，并根据需要对转让的房地产进行现场查勘和评估;
(五)房地产转让当事人按照规定缴纳有关税费;
(六)房地产管理部门办理房屋权属登记手续，核发房地产权属证书。
四、参考资料：人民网http://house.people.com.cn/n/2014/1122/c164220-26073938.html
