你的情况是个体工商户按固定税征收，应该有两个卡（银行），国税、地税分别由不同的指定银行扣税，国税是增值税、地税是附加税及个税。并证后，应该换发税务登记证，你可能没有去办，所以地税一直没有扣税。
“2006年8月1日起全国统一开始换发、启用新税务登记证件；2007年1月1日起旧税务登记证件不再有效。”
国税和营业执照注销了，地税不注销，地税数据库里的欠税永远不能清零，会影响到你下一次的注册登记。如果不打算再注册企业了，就没有什么关系；如果注销了这个公司，打算再申请一个公司，工商登记没问题，税务登记时欠税的信息会自动弹出，影响税务登记。
其实，这里也有税务的问题（应该通知到本人进行换证，而不只是网上通知），只是他们从来不承认。
