学校现有中国语言文学系、哲学学院、历史学系、文物与博物馆学系、外国语言文学学院、法学院、国际关系与公共事务学院、新闻学院、经济学院、管理学院、社会发展与公共政策学院、数学科学学院、物理学系、化学系、高分子科学系、环境科学与工程系、信息科学与工程学院、软件学院、光源与照明工程系、材料科学系、力学与工程科学系、生命科学学院、上海医学院、公共卫生学院、药学院、护理学院、国际文化交流学院、艺术设计系等29个直属院系，设有本科专业70个，一级学科博士学位授权点24个，博士学位授权学科、专业点153个（其中自设29个，专业学位1个），硕士学位授权学科、专业点225个（其中自设50个，专业学位8个），并设有25个博士后科研流动站。
研究生培养
1.概览
复旦大学研究生教育在全国研究生教育史上曾有过三个“率先”。1923年，从金陵大学毕业的文学学士蔡乐生，进入复旦大学心理学院为研究生，标志着复旦大学研究生教育的开始，这在国人所办的高等学校中是首开先河的。新中国成立的1949年，复旦大学率先在全国公开招收研究生，从1949年10月至1965年12月共计招收、培养研究生651人。1977年10月复旦大学又在全国最早恢复研究生招生。1981年1月1日实施《学位条例》以后，复旦大学的学位与研究生教育与其他高校一样，真正步入了发展轨道。在1983年全国18名首批博士学位获得者中，复旦占4名，全国最早的2名文科博士也是复旦培养的。1984年国务院批准全国22所高校建立研究生院，复旦大学和上海医科大学都在其中。复旦培养的研究生中有23名在1991年被国家授予“做出突出贡献的中国硕士、博士学位获得者”光荣称号。[26]
复旦大学2012年共有1篇博士学位论文入选全国优秀博士学位论文，另有11篇博士学位论文入选全国优秀博士学位论文提名论文。至此，在1999年至2012年连续14届的全国百篇优秀博士学位论文评选活动中，复旦大学共获得全国优秀博士学位论文55篇，在全国高校中位列第三，并累计有70篇博士学位论文获得全国优秀博士学位论文提名。[27]
2.研究生创新人才培养资助计划
2010年，复旦大学启动了“研究生创新人才培养资助计划”。计划包括优秀大学生夏令营资助、推免生暑期科研训练资助、研究生暑期学校资助、重点学科优秀博士生科研资助、交叉学科优秀博士生科研资助和博士生短期国际访学资助六个板块。[27]
3.研究生奖学助学体系
据2015年12月学校官网信息显示，学校设有30多种校级研究生奖学金，奖额1000-10000元不等；学校拨出专款试行的研究生“助教、助研、助管”三助工程；各院系设立的专项奖学金；政府拨款与学校自筹资金相结合的困难补助基金；学校协助办理的国家助学贷款等等。
