主要组织相容性复合体（MHC）即编码主要组织相容性抗原的一组紧密连锁的基因群，定位于动物于人对染色体的特定区域，呈高度多态性。MHC的编码产物即MHC分子或MHC抗原，其表达与不同细胞表面，主要功能是参与抗原提呈、制约细胞间相互识别及诱导免疫应答。
1 参与加工与提呈抗原
所谓抗原提呈，抗原提呈的一般过程可以概括为。抗原被提呈细胞消化为较小的片段即免疫原性肽，后者与提呈细胞内的MHC分子形成MHC-肽复合物后，通过一定的转运途径运送到提呈细胞表面。抗原提呈途径可大致分为两类。MHC-Ⅰ类限制的抗原提呈和MHC-Ⅱ类限制的抗原
2参与T细胞在胸腺的发育
成熟的、有功能的T细胞必须经过在胸腺中阳性选择和阴性选择，MHC在这两种选择中起关键作用。
2.1 阳性选择过程
早期的胸腺细胞前体不足3%，为CD4-CD8-双阴性细胞（double negative cells），随后发CD4+CD8+双阳性细胞（double positive cells），并受一以严格的选择。假如一个双阳性细胞表面能与胸腺皮质上皮细胞表面MHc I类或Ⅱ类分子发生有效结合，就可被选择而继续发育，否则会发生程序性的细胞死亡。MHC I类分子选择CD8复合受体（coreceptor），而使双阳性细胞表面CD4复合受体减少；MHCⅡ类分子选择CD4复合受体，而使CD8复合受体减少。这种选择过程赋于成熟CD8+CD4-T细胞具有识别抗原与自身MHc I类分子复合 物的能力，CD4+CD8-T细胞具有识别抗原与自身MHCⅡ类分子复合物的能力，成为T细胞MHC限制现象的基础。
2.2 阴性选择过程
经过阳性选择后的T细胞还必须经过一个阴性选择过程，才能成为成熟的、具有识别外来抗原能力的T细胞。位于皮质与髓质交界外的树突状细胞（DC）和巨噬细胞（Mφ）表达高水平的MHc I类抗原和Ⅱ类抗原，在胚胎发育过程中，机体自身抗原成分与DC或Mφ表面MHc I类、Ⅱ类抗原形成复合物。经过阳性选择后的胸腺细胞如能识别DC或Mφ细胞表面自身抗原与MHC抗原复合物，即发生自身耐受（self tolerance）而停止发育，而不发生结合的胸腺细胞才能继续发育为识别外来抗原CD4+CD8-或CD4-CD8+单阳性细胞，迁移到外周血液中去。[
