一、指代不同
1、民办非企业单位：企业事业单位、社会团体和其他社会力量以及公民个人利用非国有资产举办的，从事非营利性社会服务活动的社会组织。
2、工商注册企业：指的是公司，依照公司法在中国境内设立的是以营利为目的的企业法人，包括有限责任公司和股份有限公司。
二、出发点不同
1、民办非企业单位：其宗旨是向社会提供公益服务，通过自身的服务活动，促进社会的进步与发展，其目的不是为了营利。社会公益性是民办非企业单位的最大特征。
2、工商注册企业：所有的企业，包括服务类型的企业，其宗旨就是通过其经营活动而获取最大的利润，营利是一切企业的出发点。
三、财务分配不同
1、民办非企业单位：民办非企业单位的盈余和清算后的剩余财产则只能用于社会公益事业，不得在成员中分配。
2、工商注册企业：企业的盈利可以在成员中分红，清算后的财产可以在成员中分配。
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