1、高温。由于脂肪酶本质是蛋白质，一般脂肪酶的活性范围都是在80℃以下，一旦脂肪酶被加热，知道100℃，甚至超过100℃，脂肪酶的结构会遭到不可恢复的破坏，脂肪酶的催化活性会完全失去，这样即使回复正常温度，脂肪酶也将不会有催化作用；
2、低温。低温和高温的作用原理是不同的，高温会破坏脂肪酶的活性，使脂肪酶不能再回复活性，低温一般都是只能抑制脂肪酶的活性，并不破坏脂肪酶的分子结构，当恢复正常温度之后，脂肪酶的活性又会恢复，因此工业上一般不会用这种发法使其失活，而是用这种方法来保存脂肪酶；
3、过酸或过碱。脂肪酶处于过酸或过碱的环境中也会破坏脂肪酶的分子排列结构，彻底破坏脂肪酶的活性，使脂肪酶不能恢复，但是由于其安全和生产需要，一般工业生产中不会使用这一方法；
4、脂肪酶抑制剂。脂肪酶抑制剂是一种专门的化学制剂，该化学制剂可以和脂肪酶分子活性部位结合生成另一种物质，从而使脂肪酶失去活性，但是一般生产中加入过多其他化学试剂可能对产品本身质量有影响，因此生产中很少利用这一方法。
