一、招生对象不同:在职研究生的招生对象以在职人员为主，尤其是同等学力申硕形式，学员只有获得本科学士学位满三年，才具备申硕资格。而在职研究生双证专业中，一些专业和全日制研究生报考要求是一致的，也允许本科应届生报考的，但部分专业也是对报考者有毕业年限要求的。如MBA要求专科学历毕业满五年，本科毕业满三年，硕士、博士毕业人员具备两年的工作经验才能报考。
二、学习方式不同：全日制研究生就是需要脱产，周一至周五在校完成学习，所有在职研究生学习时间都安排在周末或者是节假日，甚至一些课程不用面授，直接远程授课，通过网络来学习。相比较的话，在职研究生的上课方式更为灵活。这也是在职研究生与全日制研究生最明显、最容易理解的不同之处。
三、入学方式及考试难不同：全日制研究生需要先考试后入学，双证专业与此是一样的，属于选拔淘汰制，只有经过初试和复试被录取的人员，才能在毕业时获得相关证书，考试难度比较大。但选择同等学力申硕形式，符合条件的报考者可以免试入学。进行了课程学习，考试合格并且完成论文答辩，即可毕业。
四、获得证书不同：五月同等学力申硕可以获得在职研究生学位证书，双证研究生和全日制研究生毕业后可以获得硕士毕业证和学位证。但是从2017年以后，在职研究生获得的毕业证上将注明学习方式，但含金量与全日制是一样的。
