1、上课时间不同
全日制在职研究生是脱产学习，每周一至周五在校学习，需要在职人员辞掉工作全身心的投入到学习当中。而医学在职研究生是利用周六日或者节假日的时间学习，不需要去学校学习，是通过网络授课的，学习时间是非常灵活的，还不耽误现有的工作。
2、报考方式不同
医学在职研究生有一月联考和同等学力申硕两种报考方式，大部分院校都是以同等学力申硕的方式进行报考的，只要考生是大专以上的学历就可以报考，如果考生想要报考申硕考试，需要满足本科学历且工作经验满3年以上就可以报考。而一月联考是需要参加一月份统招考试的，学员需要满足本科毕业满3年或者大专毕业满5年的需要可以报考。
3、考试难度不同
全日制研究生和一月联考是需要参加每年一月份的统招考试，考试难度非常大，还需要通过院校的初试和复试，才可以成为正式的学员。而医学在职研究生同等学力申硕门槛低，题目简单，考试难度小。
4、获取证书不同
全日制研究生和一月联考在考试通过后，通过论文答辩，可以获得研究生毕业证和学士学位证书，但是两者在证书上还是有点区别的，证书上会标注出不同的学习方式。而医学在职研究生同等学力申硕在完成全部课程后可以获得研修毕业证，通过申硕考试的考生可以获得硕士学位证书。
