1、性质不同
乡镇卫生院是县或乡设立的一种卫生行政兼医疗预防工作的综合性机构，其任务是负责所在地区内医疗卫生工作，组织领导群众卫生运动，培训卫生技术人员并对基层卫生医疗机构进行业务指导和会诊工作。
社区服务中心属于城镇居民自治组织，工作人员基本为社区居民选举产生，一般属于全额拨款的事业单位。
2、功能不同
乡镇卫生院的功能定位，使得卫生院在农村“三级预防保健网”中居于中枢地位，与县级卫生机构和村卫生所上联下接、密切配合，组成有效的农村“三级预防保健网”，并与合作医疗、赤脚医生被世界卫生组织并称为中国农村医疗卫生服务的“三大法宝”；
其经验为世界卫生组织1978年《阿拉木图宣言》“实现2000年人人享有卫生保健”的战略措施提供了有益的启示和影响。
社区服务中心以“情系社区，服务万家”为宗旨，随时为居民提供优质服务。社区服务中心协调有关社会服务组织；承担政府委托的社会事务等方面的管理和服务项目，如卫生体育、教育科普、计划生育等工作；负责中小学生校外活动以及公益活动为主的志愿者服务。
3、人员不同
社区工作者是活跃在我国社区建设工作第一线的社会工作者队伍，是专门从事中国社区社会工作的专业人员。他们在日常工作中扮演中间人、调停者、辩护人、教师、技能者、治疗专家和活动家的角色，为基层社会稳定发挥着特殊的作用，并且为社区的建设和管理立下了汗马功劳。
乡镇卫生院人员、业务、经费等上划管理不彻底和财政补助政策、解决离退休人员经费等方面的措施不够得力，积极性还不高。
有的县（市）区对乡镇卫生院的农村医疗卫生预算不但没有增加反而有了下降，属于财政确保的疾病控制、卫生监督、妇幼保健和健康教育等社会公共卫生经费仍然严重不足。
财政投入，各地标准不一，这里是一分钱拨款都没有的，说是上划到县管，还不如原来乡管呢，弄来弄去，可以说卫生院是没有人管的单位。
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