（1）搅拌和充气：光合细菌培养过程中必须充气或搅拌，作用是帮助沉淀的光合细菌上浮获得光照，保持菌细胞的良好生长。小型厌气培养常用人工摇动培养容器的方法使菌细胞上浮，每天至少摇动三次，定时进行。大型厌气培养则用机械搅拌器或使用小水泵使水缓慢循环运转，保持菌体悬浮。微气培养是通过充气帮助菌体上浮，因为培养液中溶解氧含量增加，光合细菌繁殖受到抑制，产量下降，所以必须严格控制充气量。一般采用定时断续充气，充气量控制在1～1.5升/（升·h）之间，溶解氧量保持在1×10-6以下。
（2）调节光照度：培养光合细菌需要连续进行照明。在日常管理工作中，应根据需要经常调整光照度。白天可利用太阳光培养，晚上则需要人工光源照明，或完全利用人工光源培养。人工光源一般使用碘钨灯或白炽灯泡。不同的培养方式所要求的光照强度有所不同。一般培养光照强度应控制在2000～5000lx之间。如果光合细菌生长繁殖快，细胞密度高，则光照强度应提高到5000～10000lx。光照强度可通过调整培养容器与光源的距离或使用可控电源箱调节。
（3）调节温度：光合细菌对温度的适应范围很广，一船在23～39℃的范围内均能正常生长繁殖，可不必调整温度。在常温下培养也可通过调整，将温度控制在光合细菌生长繁殖最适宜的范围内，使光合细菌更好地生长。
（4）酸碱度的测定和调整：在培养光合细菌的过程中，必须注意酸碱度的变化。由于光合细菌的大量繁殖，菌液的pH值上升，这意味着光合细菌正处于指数生长期。但当pH值超过最适范围甚至生长的适应范围时，光合细菌的生长达到顶点，随后生长下降。如果能及时调整菌液的酸碱度，使pH值保持在最适范围，则光合细菌能继续生长繁殖。为了延长光合细菌的指数生长期，提高培养基的利用率和单位水体的产量，测定和调整PH值是非常重要的。一船采用加酸的办法来降低菌液的酸碱度，醋酸、乳酸和盐酸部可使用，最常用的是醋酸。在日常的管理工作中，必须每天或隔天测定菌液的pH值，当pH值上升超出最适范围，即加酸调整。如果在培养过程中不测定、调整酸碱度，当光合细菌的生长达到一定密度后pH值也上升到9以上，细菌生长受阻，此时应采收或再扩大培养。在培养过程中不调整PH值，获得的最终产量低。
