第一次是被宇智波佐助杀死，第二次是被宇智波鼬杀死。
1、宇智波佐助
佐助觉得自己从大蛇丸那里已经学不到什么了，就在大蛇丸躺床上养病的时候突然对他发起攻击，而早有准备的大蛇丸则现出真身──白鳞大蛇，欲夺取佐助的身体。白鳞大蛇被佐助斩杀后，大蛇丸利用挥发的血液将佐助的意识转移到自己转生的异空间，准备夺取佐助的身体。但佐助的实力超出了大蛇丸的预计，在写轮眼强大的瞳力下，大蛇丸遭到了和当年面对鼬时相同的惨败，他的异空间完全被佐助吸收了。
在摆脱大蛇丸的控制后，佐助释放了被大蛇丸关押的水月。接着两人来到南秘所，说服了具有特殊能力且对佐助抱有爱慕之情的香燐入伙，并释放了所有囚犯...
2、宇智波鼬
佐助杀死大蛇丸后成立了鹰小队，目的是杀死宇智波鼬。在身患重病，身体濒临极限的情况下，鼬与佐助约定。三日后与佐助交战，在战斗中，鼬根本没有将佐助置于死地的想法，他早已想到了佐助会如何应对自己，只是为了令佐助摆脱大蛇丸的咒印束缚而假装要挖其眼睛；
临死前他将佐助逼到了极限，在佐助的杀手锏-麒麟放出来后使用须佐能乎成功抵挡了这一招，之后佐助精疲力竭，体内的大蛇丸趁机占据佐助的身体，刚好正中了鼬的下怀，遂用十拳剑将大蛇丸成功封印，之后用天照烧死了大蛇丸化身的白蛇。（至此，此战的大蛇丸死亡，但大蛇丸的细胞仍然存在）
扩展资料：
复活后——
第四次忍界大战期间，佐助、重吾、水月将大蛇丸从御手洗红豆的咒印中复活，并从兜身上取回了自己的查克拉以及兜在这期间所掌握的情报，与佐助、水月和重吾一同去寻找“知道一切真相的人”。
之后大蛇丸在宇智波一族的南贺神社利用之前留下卷轴的内容将被尸鬼封尽封印的自己双手及前四代火影的灵魂放出，并利用附身在佐助身上的白绝施展秽土转生，召唤了前四代火影；自己则以白蛇形态逃离因施术而濒死的躯体，夺取了具有初代细胞的白绝身体，并且恢复了双臂。
大蛇丸在兜体内的这段时间想通了，连一直学习自己生存方式，处心积虑计划一切的兜都失败了，故选择帮助佐助，想要见证一个不同于自己的人生。 佐助决定阻止宇智波斑的阴谋后，大蛇丸与鹰小队剩余成员一同赶往战场治疗五影。
