办公室
（人事司、外事司）
组织协调局机关的政务工作，制定局机关的工作制度，负责局机关的文秘、机要、档案、政务信息、会务、保卫、保密、信访、提案工作；负责局机关及直属单位的人事、外事、教育培训工作和财务、资产管理。
具体职能是：
1.协助局领导组织协调机关日常政务工作。2.负责局党组会议、局长办公会议、以局名义召开的全国性会议的会务工作和催办落实党组会议决定、局长办公会议议定的有关事项。3.负责全局的文件、电报、资料的收发、批分、核稿、催办和档案管理，掌管局、室印章。4.组织办理答复全国人大代表建议、政协委员提案；处理人民来信来访事宜。5.负责向中央办公厅、国务院办公厅和国家计委报送政务信息。6.组织制订局机关工作有关规章制度并组织实施，起草局年度工作计划和工作总结。7.负责局机关的安全保卫和保密工作。8.负责局机关办公自动化工作。9.按管理权限负责局机关和直属单位的干部工作和人事管理工作；负责指导粮食行业的教育培训工作；统一归口管理综合性培训和与各司（室）业务有关的专业培训。10.负责本局外事工作，协调与有关国家政府、有关国际组织、及相关行业的双边和多边合作事宜；归口管理粮食行业的引智工作；管理本局外事经费。11.承办局领导交办的其他事项。
调控司
研究提出全国粮食宏观调控、总量平衡以及粮食流通的中长期规划、进出口计划和收储、动用中央储备粮的建议；研究提出中央储备粮的规模、总体布局和收购、销售、进出口计划，并督促实施；承担全国粮食流通的协调事务和行业统计工作。具体职能是：
1. 研究制定社会粮油产需、国家粮油收支总量平衡（含进 出口）和粮油流通的中长期规划和年度计划；协调国家重点项目（退耕还林、以工代赈、救灾、军队用粮等）用粮计划。2.研究分析国内、国际的粮油形势和动态，提出国家宏观调控的政策建议，组织实施对粮油流通的宏观调控。承担全国粮油流通的指导、协调事务。3.研究提出收储、动用中央储备粮油的建议；指导储备粮管理体系的建立和完善。4.研究提出中央储备粮油的规模的建议，提报中央储备粮的收购、销售、进出口计划，并督促实施。5.研究制定全国粮油统计制度，改进和完善统计方法并组织实施，对执行情况进行监督检查。6.负责了解国内、国际粮油产购销等信息；汇总全国粮油行业统计报表，进行统计分析，提供粮油统计资料，为领导决策提供依据。7.联系指导中国储备粮管理总公司的有关业务，指导中国储备粮管理总公司的中央储备粮油统计。8.承办局领导交办的其他事项。
政策法规司
研究提出全国粮食流通体制改革方案，并组织实施；拟定中央储备粮管理的技术规范；研究提出粮食定购价格以及收购保护价和销售限价的原则的建议；组织拟定粮食质量标准、检测制度及办法、有关技术规范等。具体职能是：
1.负责研究提出全国粮食流通体制改革方案和企业改革方案，并组织实施。2.组织起草全国粮食流通和中央储备粮管理的法律、法规草案和有关政策及有关规章制度。拟定中央储备粮管理的技术规范。3.研究提出粮食定购价格、收购保护价和销售限价的原则及建议。研究提出粮食保护价收购范围的粮食品种及市场管理的政策建议。4.研究提出全国粮油批发市场发展的总体规划和粮油市场体系建设的方案。5.负责指导粮食质量标准、检测制度及办法、有关技术规范的拟定工作。6.负责对外新闻发布和宣传报道工作。7.负责全国国有粮食企业上市、破产有关政策的指导和申报审批工作。8.统一制定和组织实施全局粮食政策和业务课题研究计划。9.承办局领导交办的其他事项。
监督检查司
监督检查全国粮食流通和中央储备粮管理的法律、法规、政策及各项规章制度的执行情况；监督检查中央储备粮计划和技术规范的执行情况；监督检查中央储备粮的库存、质量和安全；承担行业指导的具体工作。具体职能是：
1.监督检查粮食流通体制改革有关政策的贯彻执行情况；监督检查全国粮食流通和中央储备粮管理的有关法律、法规、政策及各项规章制度的执行情况。2.监督检查中央储备粮计划和技术规范的执行情况；监督检查中央储备粮库存、质量和安全。3.组织、指导各地粮食行政管理部门对粮食经营者从事粮食收购、储存、运输活动和政策性用粮的购销活动，以及执行国家粮食流通统计制度的情况进行监督检查。4.组织、指导各地粮食行政管理部门对粮食收购资格进行核查。5.研究拟定粮食流通监管的规章制度并组织实施；结合监督检查情况提出有关行业指导意见。6.承办局领导交办的其他工作。
财务司
具体职能是：
1.指导全国粮食行业贯彻实施国家有关财政、金融、税收等有关政策；调查研究和协调解决粮食行业执行有关财政、金融和税收政策等问题；指导全国粮食行业财会工作。2.3.负责审核、汇总全国国有粮食企业、直属事业单位的务会计报表和财务分析工作；指导国有粮食企业扭亏增盈、增收节支工作。4.负责管理局各项资金；编制局部门预算和决算；办理财政预算资金使用的申报和请款；负责财政预算资金使用情况的审核、拨付和核算。5.负责局机关行政财务的管理工作；负责局机关和直属事业单位政府采购工作和国有资产管理；指导直属事业单位的财务管理和会计核算；负责局机关和直属事业单位的审计工作。6.研究制定全国国有粮食企业改革方案，指导和推动国有粮食企业的改革和发展。7.承担局领导交办的其他工作。
流通与科技发展司
研究全国粮食流通及仓储、加工设施的建设规划，承办大型粮食储运、加工项目及政策性贷款项目的具体业务工作；负责地方粮库和社会仓储设施储存中央储备粮的资格审查和定点，制定有关的制度、办法，并监督执行；组织有关粮食储运、加工等方面的先进技术的推广。具体职能是：
1.研究制订粮食流通相关设施建设、投资、科学技术的发展规划、技术政策，并组织实施。2.负责粮食储运、加工设施建设、更新改造及重点科研项目年度计划的编报、下达和实施。3.承办大型粮食储运、加工项目、技术改造及维修更新建设项目以及政策性贷款建设项目的具体业务工作。4.负责地方粮库和社会仓储设施储存中央储备粮的资格和定点；指导粮食储运、加工设施和技术的管理工作，制定有关管理办法，并组织实施。5.组织推动粮食行业科技进步和技术创新工作，开展粮食储运、加工等方面先进技术和科技成果的推广应用、交流与合作工作。6.负责指导中国储备粮管理总公司的设施建设、科技推广和仓储管理等业务。7.承办局领导交办的其它工作。 ·科学研究院
·军粮供应服务中心
·国家粮油信息中心
·标准质量中心
·中国粮食研究培训中心
·发展交流中心
·机关服务中心
·中国粮食经济杂志社 · 中国粮食行业协会
· 中国粮食经济学会
· 中国粮油学会
2010年，与河南省政府签约共建河南工业大学
2011年，与江苏省政府签约共建南京财经大学
