当地国土资源局办理。
根据《中华人民共和国土地管理法实施条例》第四条规定：农民集体所有的土地，由土地所有者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地所有权证书，确认所有权。
农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由土地使用者向土地所在地的县级人民政府土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级人民政府登记造册，核发集体土地使用权证书，确认建设用地使用权。设区的市人民政府可以对市辖区内农民集体所有的土地实行统一登记。
所以，农民集体所有土地用于非农业建设的，才需要给使用权人发给土地使用证，发证机关为县级或者市级土地管理部门。
另外，农村土地属于集体土地，只能由村集体成员申请集体土地使用权。只有在乡政府规划中，对集体土地进行征收征用，土地性质才能由集体土地转变为国有土地，才能办理国有土地使用证。
收费标准、收费依据
1、土地登记费(苏价涉[1995]155号、苏价房[1999]134号)：
①党政机关、人民团体、全额预算管理事业单位每宗地收10元;
②企业、自收自支单位土地使用面积在1000 m2(含1000 m2)以下每宗地收110元，每超过500 m2以内加收40元，最高不超过4万元;
③差额预算管理事业单位土地使用面积在2500 m2(含2500 m2)经下每宗地收160元，每超过500 m2以内加收20元，最高不超过1万元;
④城镇私房用于生产经营地土地使用面积在500 m2(含500 m2)以下每宗地收90元，每超过100 m2以内加收20元，最高不超过200元;
⑤城镇居民住房(私房)土地使用面积100 m2(含100 m2)以下每宗地收18元，每超过50 m2以内加收5元，最高不超过35元。
另外对于民房遗留问题，根据淮政发[2003]131号文件：超法定面积135 m2以上部分按90元/m2收取;
2、交易服务费(苏价服[2004]131)：依照法律、法规不需要进入土地市场交易的,不交纳此费用。对土地使用权进行出让的，按照土地交易面积向受让方收取1.2元/m2;对土地使用权进行转让的,向交易双方收取2.4元/ m2,双方各承担一半;对土地使用权进行出租和抵押的,向交易双方收收取1元/m2,,双方各承担一半。
扩展资料：
办理《国有土地使用证》变更登记应提供以下资料：
土地登记申请书、《国有土地使用证》原件、《成都市房屋所有权证》、《房屋共有权证》复印件（验原件）、身份证双面复印件（第二代双面复印）验原件，特殊情况附书面说明。
（一）因房屋买卖发生的个人《国有土地使用权》变更登记还应提供“关于办理土地登记的函”（成都市土地矿权交易中心出具）；
（二）因房屋买卖发生的单位《国有土地使用权证》变更登记还应提供“国有土地使用权交易审查表”（成都市国土资源局出具)，同时提供法人身份证明，土地登记委托书、法人身份证复印件，受托人身份证复印件（验原件）、企业工商营业执照、组织机构代码复印件。（上述材料中的复印件须加盖申报单位的公章证明原件与复印件一致；）
（三）因继承、赠与发生的《国有土地使用权》变更登记还应提供：《公证书》（原件）。
（四）因离婚发生的《国有土地使用权》变更登记还应提供：离婚证明或法院裁决书复印件（验原件）；
（五）因地址变更发生的《国有土地使用权》变更登记还应提供：变更地派出所出具的地址变更证明原件。
参考资料：百度百科-土地使用证
