《政府采购法》第二条规定：政府采购包括货物、工程和服务；同时第四条又规定：政府采购工程进行招标投标的，适用招标投标法。表明两个法既密切联系，又有较大的区别，两法并行但不矛盾。
首先从条文上理解：
1、政府采购工程适用《招标投标法》，仅仅是招标投标活动（或程序）上的适用，但在招标投标程序之外的其他活动及管理，还应当《政府采购法》，否则与政府采购范围相冲突 。
2、本法所指的工程，仅指建设工程，不应包括信息、环保、水电工程等。
其次从立法的过程看：
工程是否列政府采购的对象，在立法过程中有过较大争论。最后支持将工程列入采购法调整范围原因在于：
第一，政府采购法属于实体法、招标投标法属于程序法。我国采取两法并立的立法模式，并不能导致两法内容的互相排斥；
第二，是否纳入政府采购范围，关键要看采购主体及资金来源，而不是采购的对象；
第三，在实践中，政府投资工程是政府不可缺少的一项重要资源，工程支出占政府采购支出支出比重相当高，如果将工程排除在外，不仅调整范围不完整，入世谈判缺少一个重要的筹码，也将使政府采购制度的意义大为降低。
因此我们认为，两法并行但不矛盾。
从两法的关系看，《招标投标法》和《合同法》一样，可以说是《政府采购法》的配套法律，这也符合国际通行作法和各国的立法经验的。
同时，在处理两法关系时，应按“后法优于前法”和“特别法优于一般法”的法律适用原则，当政府采购法的规定与招标投标法不一致，或政府采购法另有特别规定时，应遵行政府采购法。
所以说，招投标与政府采购制度有联系，但两者不能划等号；政府采购法与招标投标法有交叉，但不矛盾，而是相互协调、彼此补充。
两法的主要区别有：
（一）规范的主体不同
《政府采购法》规范的主体是各级国家机关、事业单位和团体组织。
《招标投标法》规范的主体则无限制，凡是在我国境内的任何主体进行招标投标活动（强制或自愿），包括私人企业以及其他非法人组织。并且，《招标投标法》不但规范招标（采购）主体，也规范投标（销售）主体，这与《政府采购法》规范的主体很大不同。
实践中，招标投标法许多条文是针对强制招标（工程建设项目及相关的货物、服务）而言，不适合当事人自愿招标的情况。
（二）规范的行为性质不同
政府采购法，规范的是政府采购行为。这种行为不仅包括招标采购，还包括询价采购、竞争性谈判采购、单一来源采购行为。
学术界常被视是一种行政行为，认为政府可以利用采购政策干预采购市场。
招标投标法，规范的是招标投标行为。是指招标人以招标公告或投标邀请书的方式，公开选择卖方一种交易方式。
仅指“标买”，不包括“标卖” 。是一种民事行为
同时从行为的过程看，政府采购行为要比招标投标行为来得长而复杂。
（三）强调的法律责任不同
虽然《政府采购法》与《招标投标法》都涉及民事责任、行政责任和刑事责任的规定，但两者的侧重点是不同的。
由于《政府采购法》属于行政法的范畴，规范的是政府机关单位如何管理规范政府采购行为，因而它强调的是行政责任；
《招标投标法》属于民法、经济法的范畴，招标投标行为是一种民事行为，因而强调的是民事责任。
（四）管理体制与操作模式的不同
1、管理体制。
政府采购是实行财政统一管理，监察、审计和行政主管部门分工监督的体制。最高领导机关是财政部。
招标投标是实行发改协调指导，各行业（行政）主管部门归口监督的体制。最高领导机关是发改委。
2、执行模式。
政府采购实行集中采购和分散采购相结合的模式，采取强制委托和自愿委托的形式。
招标投标实行分散采购（包括分散委托和自行组织）的模式，由招标人自愿委托。
3、采购目录和限额标准（招标范围和规模标准）
政府采购按预算隶属关系由国务院和省级政府或授权部门制定并颁布。
招标投标由国家发改委会同有关部门制订，报国务院批准后公布。
4、采购方式审批
非公开招标的政府采购方式由市级以上财政部门审批。
邀请招标方式由国家发改委或省政府批准。
5、供应商（投标人）资格要求
政府采购对供应商资格除了技术要求和能力要求外，还有政策性要求，如纳税、环保、社保、就业等要求。
政府采购除了邀请招标方式允许对供应商进行资格预审，公开招标却不可以；而招标投标中却均允许，而且比较普遍。
以联合体形式参加的，政府采购对一般供应商资格条件，联合体各方均应具备，特定资格条件，只需其中一方具备；招标投标要求联合体各方均应具备，并按资质最低的一方确定资质等级。
6、救济程序（供质疑、投诉）不同
政府采购中供应商质疑、投诉是特指供应商认为采购文件、采购过程及采购结果使自己权益受到损害的，可以向采购组织单位和财政部门进行申诉和监督的行为。
对政府采购供应商质疑、投诉按规定进行受理、答复是采购组织单位和财政部门的应尽职责和法定义务，否则供应商可以行政复议或行政诉讼。
招标投标法的异议、投诉是指投标人和其他利害关系人只要认为招投标活动不符合本法规定的，均有权向招标人提出异议或向有关行政监管部门投诉。
投诉人和投诉事项宽泛，不必提供确切证据，不会引起诉讼风险。
