1、秸秆综合利用困难较多。目前秸秆综合利用主要有以下几方面：
一、秸秆还田。难点：（1）秸秆还田需要切碎、深耕，现有农机具难以全面实现。（2）在某些地区，如果连续多年夏秋两季秸秆全量还田对农作物的生长好处不大。
二、秸秆综合利用。现阶段秸秆综合利用途径较多，例如秸秆培育食用菌、秸秆板材秸秆沼气、秸秆饲料等，但问题是使用量很少。
三、能源化利用。即收集秸秆后，作为燃料处理。难点：（1）夏季秸秆收集时间较短，难以收集。（2）收集成本高，企业没效益，收集成本低了没有愿意卖。（3）销售价格不高。（4）如果做成秸秆压块，投资较大，市场上现有的加工设备还不过关。
四、秸秆综合利用要有政府的强有力扶持才能进行，即要在实行全面禁烧的前提下，才能收集到较多的秸秆资源。而且要有资金的支持才能更好地开展综合利用。难点：秸秆还田影响作物生长，秸秆焚烧污染大气环境，综合开发利用又面临着技术不成熟、投资比较大、效果比较差的窘境。
2、首先要明确的是，秸秆问题必须通过市场化的途径加以解决，即要以市场化的理念来认识秸秆的资源价值，看待其发展前景，要以企业化的制度来推进秸秆的综合利用，拓宽其开发利用的途径。
其次要明确和突出政府对秸秆综合利用的主要责任。（1）政府要加大推进秸秆科学研究的力度。（2）政府要加大政策和资金支持的力度。（3）政府也必须同时加大宣传和服务工作的力度，充分调动广大农民的积极性，为秸秆综合利用做好各项准备工作。（4）明确农民和农村集体组织在秸秆综合利用中的任务和责任，不仅要做好宣传，而且要做好相关的管理工作。
