青海省
1.循化孟达国家级自然保护区
2．青海湖国家级自然保护区
3．可可西里国家级自然保护区
4．隆宝国家级自然保护区
5．三江源国家级自然保护区
西藏
1．雅鲁藏布江中游河谷黑颈鹤国家级自然保护区
2．芒康滇金丝猴国家级自然保护区
3．珠穆朗玛峰国家级自然保护区
4．色林错国家级自然保护区
5．羌塘国家级自然保护区
6．雅鲁藏布大峡谷国家级自然保护区
7．察隅慈巴沟国家级自然保护区
8．拉鲁湿地国家级自然保护区
9．类乌齐马鹿国家级自然保护区
四川
1．龙溪——虹口国家级自然保护区
2．白水河国家级自然保护区
3．攀枝花苏铁国家级自然保护区
4．画稿溪国家级自然保护区
5．王朗国家级自然保护区
6．唐家河国家级自然保护区
7．马边大风顶国家级自然保护区
8．长宁竹海国家级自然保护区
9．蜂桶寨国家级自然保护区
10．卧龙国家级自然保护区
11．九寨沟国家级自然保护区
12．小金四姑娘山国家级自然保护区
13．若尔盖湿地国家级自然保护区
14．贡嘎山国家级自然保护区
15．察青松多白唇鹿国家级自然保护区
16.亚丁国家级自然保护区
17．美姑大风顶国家级自然保护区
18．长江上游珍稀、特有鱼类国家级自然保护区*
19．米仓山国家级自然保护区
20．雪宝顶国家级自然保护区
21．花萼山国家级自然保护区
22．海子山国家级自然保护区
云南
1．哀牢山国家级自然保护区
2．高黎贡山国家级自然保护区
3．大山包黑颈鹤国家级自然保护区
4．大围山国家级自然保护区
5．金平分水岭国家级自然保护区
6．黄连山国家级自然保护区
7．文山国家级自然保护区
8．无量山国家级自然保护区
9．西双版纳国家级自然保护区
10．西双版纳纳版河流域国家级自然保护区
11．苍山洱海国家级自然保护区
12．白马雪山国家级自然保护区
13．南滚河国家级自然保护区
14．长江上游珍稀、特有鱼类国家级自然保护区*
15．药山国家级自然保护区
16．会泽黑颈鹤国家级自然保护区
17．永德大雪山国家级自然保护区
重庆
1．缙云山国家级自然保护区
2．大巴山国家级自然保护区
3．长江上游珍稀、特有鱼类国家级自然保护区*
4．金佛山国家级自然保护区
湖北
1．青龙山恐龙蛋化石群国家级自然保护区
2．神农架国家级自然保护区
3．五峰后河国家级自然保护区
4．石首麋鹿国家级自然保护区
5．长江天鹅洲白鱀豚国家级自然保护区
6．长江新螺段白鱀豚国家级自然保护区
7．星斗山国家级自然保护区
8．九宫山国家级自然保护区
9．七姊妹山国家级自然保护区
10．洪湖湿地国家级自然保护区
11．湖北龙感湖国家级自然保护区
湖南
1．炎陵桃源洞国家级自然保护区
2．东洞庭湖国家级自然保护区
3．壶瓶山国家级自然保护区
4．张家界大鲵国家级自然保护区
5．八大公山国家级自然保护区
6．莽山国家级自然保护区
7．永州都庞岭国家级自然保护区
8．小溪国家级自然保护区
9．黄桑国家级自然保护区
10．乌云界国家级自然保护区
11．鹰嘴界国家级自然保护区
12．南岳衡山国家级自然保护区
13．借母溪国家级自然保护区
14．阳明山国家级自然保护区
15．八面山国家级自然保护区
江西
1．鄱阳湖候鸟国家级自然保护区
2．桃红岭梅花鹿国家级自然保护区
3．九连山国家级自然保护区
4．江西武夷山国家级自然保护区
5．井冈山国家级自然保护区
6．官山国家级自然保护区
7．马头山国家级自然保护区
安徽
1．鹞落坪国家级自然保护区
2．牯牛降国家级自然保护区
3．扬子鳄国家级自然保护区
4．金寨天马国家级自然保护区
5．升金湖国家级自然保护区
6．铜陵淡水豚国家级自然保护区
江苏
1．盐城沿海滩涂珍禽国家级自然保护区
2．大丰麋鹿国家级自然保护区
3．泗洪洪泽湖湿地国家级自然保护区
上海
1．九段沙湿地国家级自然保护区
2．崇明东滩鸟类国家级自然保护区
