1、性质不同
母公司是在国际商务中指以母国为基地，通过对外直接投资对海外经济实体进行有效控制的总公司。
控股股东是指其出资额占有限责任公司资本总额百分之五十以上或者其持有的股份占股份有限公司股本总额百分之五十以上的股东。
2、条件不同
母公司必须有一个或一个以上的子公司，即必须满足合并报表准则所规定的控制的要求，能够决定另一个企业的财务和经营政策，并能据以从另一个企业的经营活动中获取利益的权力。
控股股东条件是：在单独或者与他人一致行动时，可以选出半数以上的董事；可以行使公司30%以上的表决权或者可以控制公司30%以上表决权的行使；，持有公司30%以上的股份。
3、概念不同
母公司是指拥有另一个公司一定比例以上的股份或通过协议方式能够对另一个公司实行实际控制的公司，具有法人资格，可以独立承担民事责任。
控股股东是指依其出资额或者持有的股份所享有的表决权已足以对股东会、股东大会的决议产生重大影响的法人。
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