创建于1919年，前身是三一会堂（属教会学校）。1932年正式定名为“吴兴县私立三余初级商业学校”，附设商业夜校，校址在衣裳街三一会堂内。1941年12月学校改名为“吴兴县私立三一初中学生补习学校”，1943年搬迁至南街，同时在省教育厅立案，承认学历。1946年成立董事会，董事长为陈勤士（陈英士之兄），聘丁立勇为校长。
1953年经嘉兴地区专署文教处批准，改为“湖州市私立三余初级中学”。1956年春改为公立，校名为“浙江省湖州第三初级中学”。翌年，改名为“浙江省湖州第一初级中学”，是社会公认的浙北名校。1963年被省教育厅指定为新教材试点学校。1970年秋改为完全中学建制，定名为“湖州市第一中学”。1985年被市委、市政府命名为“湖州市首批文明单位”。1987年被省体委、省教委命名为“浙江省体育传统项目学校”。1995年跨入省示范性高中行列，被省教委命名为“省级特色高中”。
2002年8月市教育局实施初高中分离，校初中部更名为湖州市第十一中学。学校以办人民满意的“精品”学校为宗旨，以提高教育教学质量为根本，学校教育教学已在湖州市乃至省内外具有较高的知名度。从2006学年开始，在市、区政府和教育行政部门的统筹规划与安排下，学校的规模扩大，设立两个校区。“以南街校区为依托，以碧浪校区谋发展”，一校两区，和谐共进。目前，新校区的占地面积为37989平方米，建筑面积为17712平方米，有教室36个，可以容纳24至27个班级，有实验室、电脑室等专用教室16个，有可以容纳400人的食堂，300米的塑胶跑道，5个篮球场。
2002年以来，学校被评为市文明单位、市社会治安综合治理十佳单位、市先进职工之家、市级校务公开工作先进单位、市级卫生先进集体、国家级外语实验学校等称号。
